BLAST - инструмент для быстрого поиска последовательностей в банках данных по гомологии
Для поиска использовалась програма BLASTP.
Поиск белка MetJ по фрагменту его аминокислотной последовательности.
Для работы использовались ресурсы банка данных Swiss-Prot.
Последовательность длиной 30 аминокислот с 5 по 35:
Порядковый номер хита - 1
Процент совпадающих остатков в выравнивании - 100%
Вес выравнивания - 216
E-value - 1e-56
Последовательность длиной 10 аминокислот с 1 по 10:
Порядковый номер хита - 1
Процент совпадающих остатков в выравнивании - 100%
Вес выравнивания - 25.8
E-value - 9.4
В первом случае вес выравнивания больше так как больше длина выравниваемой
последовательности( для выравнивания которой не нужны делеции). E-value во втором случае
гораздо выше из за того, что вероятность случайной встречи последовательности из 10 аминокислот
гораздо выше, чем из 30.
Является ли BLAST инструментом для поиска ортологов? При поиске гомологов белка RBSR_BACSU с помощью BLAST, был получен список
белков, где ортологи(в названии присутствует буквосочетание "RbsR") находятся на позициях:
1, 2, 3, 7, 15, 16. Следовательно, хотя ортологи и расположены в начале полученного списка
(всего 86 гомологов) BLAST, не позволяет однозначно отделить их от прочих белков.