Поиск мотивов в последовательности METJ_ECOLI с помощью средств PROSITE

В базе данных собрана коллекция сайтов, мотивов и доменов. Они описаны с помощью паттернов.

С помощью программы ScanProsite (Scan a protein for PROSITE matches) были найдено 4 известных мотива в последовательности METJ_ECOLI.

* - часто встречающиеся в белках мотивы

Правила составления паттернов:
[...] - на данной позиции стоит одна из аминокислот в скобках;
(...) - на данной позиции стоит любая аминокислота кроме тех что в скобках;
x - любая аминокислота;
(n) - повторение предшествующего элемента n раз.

Пример реального паттерна:
x-G-[RK]-[RK]
Соответствующая последовательность белка METJ_ECOLI:
H-G-K-K
Другая последовательность удовлетворяющая тому же паттерну:
I-G-R-K


Другие банки данных

Второй семестр

Главная страница