Банк EMBL

1. Сравнение разных записей в EMBL

DR   EMBL; U22490; AAA64506.1; -; Genomic_DNA.

DR   EMBL; D90868; BAA16258.1; -; Genomic_DNA.

DR   EMBL; D90869; BAA16261.1; -; Genomic_DNA.

DR   EMBL; U00096; AAC75447.1; -; Genomic_DNA.

Query "((([embl-AccNumber:U22490*] | [embl-AccNumber:D90868*]) | [embl-AccNumber:D90869*]) | [embl-AccNumber:U00096*]) " found 5 entries

   U00096       Полный геном
         D90868       Указание на геном AP009048
         D90869       Указание на геном AP009048
         AP00904     Полный геном
         U22490       Иследуемый ген

 2. Сравнение описаний гена Escherichia coli в двух разных записях EMBL

Последовательности, кодирующие белок Glucokinase в двух записях банка данных EMBL.

Для двух нуклеотидных последовательностей идентичность равна  99,6% (963/967), а идентичность двух аминокислотных последовательностей, закодированных в исследуемых нуклеотидных последовательностях, равна 98,8% (317/321). Замена 323 нуклеотида A нуклеотидом T привела к замена кодона AAC кодоном ATC, что привело к замене аминокислоты Asn аминокислотой Ile. Замена нуклеотида G 821 нуклеотидом C привела к замене кодона GGC кодоном GCC и, следовательно, замене аминокислоты Gly аминокислотой Ala. Гэпы приводят к замене двух аминокислот Ala и Cys аминокислотами Arg и Val.

U22490             1 atgacaaagtatgcattagtcggtgatgtgggcggcaccaacgcacgtct     50

                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

U00096             1 atgacaaagtatgcattagtcggtgatgtgggcggcaccaacgcacgtct     50

U22490            51 tgctctgtgtgatattgccagtggtgaaatctcgcaggctaagacctatt    100

                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

U00096            51 tgctctgtgtgatattgccagtggtgaaatctcgcaggctaagacctatt    100

U22490           101 cagggcttgattaccccagcctcgaagcggtcattcgcgtttatcttgaa    150

                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

U00096           101 cagggcttgattaccccagcctcgaagcggtcattcgcgtttatcttgaa    150

U22490           151 gaacataaggtcgaggtgaaagacggctgtattgccatcgcttgcccaat    200

                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

U00096           151 gaacataaggtcgaggtgaaagacggctgtattgccatcgcttgcccaat    200

U22490           201 taccggtgactgggtggcgatgaccaaccatacctgggcgttctcaattg    250

                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

U00096           201 taccggtgactgggtggcgatgaccaaccatacctgggcgttctcaattg    250

U22490           251 ccgaaatgaaaaagaatctcggttttagccatctggaaattattaacgat    300

                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

U00096           251 ccgaaatgaaaaagaatctcggttttagccatctggaaattattaacgat    300

U22490           301 tttaccgctgtatcgatggcgaacccgatgctgaaaaaagagcatctgat    350

                     ||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||

U00096           301 tttaccgctgtatcgatggcgatcccgatgctgaaaaaagagcatctgat    350

U22490           351 tcagtttggtggcgcagaaccggtcgaaggtaagcctattgcggtttacg    400

                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

U00096           351 tcagtttggtggcgcagaaccggtcgaaggtaagcctattgcggtttacg    400

U22490           401 gtgccggaacggggcttggggttgcgcatctggtccatgtcgataagcgt    450

                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

U00096           401 gtgccggaacggggcttggggttgcgcatctggtccatgtcgataagcgt    450

U22490           451 tgggtaagcttgccaggcgaaggcggtcacgttgattttgcgccgaatag    500

                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

U00096           451 tgggtaagcttgccaggcgaaggcggtcacgttgattttgcgccgaatag    500

U22490           501 tgaagaagaggccattatcctcgaaatattgcgtgcggaaattggtcatg    550

                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

U00096           501 tgaagaagaggccattatcctcgaaatattgcgtgcggaaattggtcatg    550

U22490           551 tttcggcggag-gcgtgcctttctggccctgggctggtgaatttgtatcg    599

                     ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||

U00096           551 tttcggcggagcgcgtg-ctttctggccctgggctggtgaatttgtatcg    599

U22490           600 cgcaattgtgaaagctgacaaccgcctgccagaaaatctcaagccaaaag    649

                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

U00096           600 cgcaattgtgaaagctgacaaccgcctgccagaaaatctcaagccaaaag    649

U22490           650 atattaccgaacgcgcgctggctgacagctgcaccgattgccgccgcgca    699

                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

U00096           650 atattaccgaacgcgcgctggctgacagctgcaccgattgccgccgcgca    699

U22490           700 ttgtcgctgttttgcgtcattatgggccgttttggcggcaatctggcgct    749

                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

U00096           700 ttgtcgctgttttgcgtcattatgggccgttttggcggcaatctggcgct    749

U22490           750 caatctcgggacatttggcggcgtgtttattgcgggcggtatcgtgccgc    799

                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

U00096           750 caatctcgggacatttggcggcgtgtttattgcgggcggtatcgtgccgc    799

U22490           800 gcttccttgagttcttcaaaggctccggtttccgtgccgcatttgaagat    849

                     |||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||

U00096           800 gcttccttgagttcttcaaagcctccggtttccgtgccgcatttgaagat    849

U22490           850 aaagggcgctttaaagaatatgtccatgatattccggtgtatctcatcgt    899

                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

U00096           850 aaagggcgctttaaagaatatgtccatgatattccggtgtatctcatcgt    899

U22490           900 ccatgacaatccgggccttctcggttccggtgcacatttacgccagacct    949

                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

U00096           900 ccatgacaatccgggccttctcggttccggtgcacatttacgccagacct    949

U22490           950 taggtcacattctgtaa    966

                     |||||||||||||||||

U00096           950 taggtcacattctgtaa    966

GLK ECOLI (1)      1 MTKYALVGDVGGTNARLALCDIASGEISQAKTYSGLDYPSLEAVIRVYLE     50

                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

GLK ECOLI (2)      1 MTKYALVGDVGGTNARLALCDIASGEISQAKTYSGLDYPSLEAVIRVYLE     50

GLK ECOLI (1)     51 EHKVEVKDGCIAIACPITGDWVAMTNHTWAFSIAEMKKNLGFSHLEIIND    100

                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

GLK ECOLI (2)     51 EHKVEVKDGCIAIACPITGDWVAMTNHTWAFSIAEMKKNLGFSHLEIIND    100

GLK ECOLI (1)    101 FTAVSMANPMLKKEHLIQFGGAEPVEGKPIAVYGAGTGLGVAHLVHVDKR    150

                     |||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

GLK ECOLI (2)    101 FTAVSMAIPMLKKEHLIQFGGAEPVEGKPIAVYGAGTGLGVAHLVHVDKR    150

GLK ECOLI (1)    151 WVSLPGEGGHVDFAPNSEEEAIILEILRAEIGHVSAEACLSGPGLVNLYR    200

                     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||..|||||||||||

GLK ECOLI (2)    151 WVSLPGEGGHVDFAPNSEEEAIILEILRAEIGHVSAERVLSGPGLVNLYR    200

GLK ECOLI (1)    201 AIVKADNRLPENLKPKDITERALADSCTDCRRALSLFCVIMGRFGGNLAL    250

                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

GLK ECOLI (2)    201 AIVKADNRLPENLKPKDITERALADSCTDCRRALSLFCVIMGRFGGNLAL    250

GLK ECOLI (1)    251 NLGTFGGVFIAGGIVPRFLEFFKGSGFRAAFEDKGRFKEYVHDIPVYLIV    300

                     |||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||

GLK ECOLI (2)    251 NLGTFGGVFIAGGIVPRFLEFFKASGFRAAFEDKGRFKEYVHDIPVYLIV    300

GLK ECOLI (1)    301 HDNPGLLGSGAHLRQTLGHIL    321

                     |||||||||||||||||||||

GLK ECOLI (2)    301 HDNPGLLGSGAHLRQTLGHIL    321

3. Ген эукариотического генома

FT   exon            214850..215164

FT                   /number=1

FT                   /gene="DDAH"

FT   CDS             join(214868..215164,215284..215383,215505..215578,

FT                   215737..215856,216337..216486,216676..216792)

FT                   /codon_start=1

FT                   /db_xref="GOA:O95865"

FT                   /db_xref="HGNC:2716"

FT                   /db_xref="InterPro:IPR003198"

FT                   /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:O95865"

FT                   /note="alternative name: NG30, G6a"

FT                   /transl_table=1

FT                   /gene="DDAH"

FT                   /product="NG-dimethylarginine dimethylamino hydrolase

FT                   homolog"

FT                   /protein_id="BAB63377.1"

FT                   /translation="MGTPGEGLGRCSHALIRGVPESLASGEGAGAGLPALDLAKAQREH

FT                   GVLGGKLRQRLGLQLLELPPEESLPLGPLLGDTAVIQGDTALITRPWSPARRPEVDGVR

FT                   KALQDLGLRIVEIGDENATLDGTDVLFTGREFFVGLSKWTNHRGAEIVADTFRDFAVST

FT                   VPVSGPSHLRGLCGMGGPRTVVAGSSDAAQKAVRAMAVLTDHPYASLTLPDDAAADCLF

FT                   LRPGLPGVPPFLLHRGGGDLPNSQEALQKLSDVTLVPVSCSELEKAGAGLSSLCLVLST

FT                   RPHS"

FT   exon            215284..215383

FT                   /number=2

FT                   /gene="DDAH"

FT   exon            215505..215578

FT                   /number=3

FT                   /gene="DDAH"

FT   exon            215737..215856

FT                   /number=4

FT                   /gene="DDAH"

FT   exon            216337..216486

FT                   /number=5

FT                   /gene="DDAH"

FT   exon            216676..216987

FT                   /number=6

FT                   /gene="DDAH"

Ген на прямой цепи

tyle="text-indent:18.0pt">--[214850..215164]- -[214868..215164]--[ 215284..215383]--[ 215505..215578]--[ 215737..215856]--[ 216337..216486]--[ 216676..216987]-- >

Число экзонов в гене равняется 6.

Самый длинный интрон 4 длиной 481 нуклеотида, самый короткий интрон 1 длиной 120 нуклеотидов.

Самый длинный 1 экзон 314 нуклеотидов, самый короткий 3 экзон 73 нуклеотида

.

На главную страницу третьего семестра