Структура РНК

1.      Полученный PDB код 1i9v.

Структура PHENYLALANINE TRANSFER RNA тРНК и из SACCHAROMYCES CEREVISIAE (YEAST) организма описана в записи PDB, идентификаторы цепей тРНК MOL_ID: 1, ещё макромолекулы есть в структурах: WYBUTOSINE, NEOMYCIN, 5-METHYLURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE (главная цепь).

2.      Последовательность тРНК:

SEQRES   1 A   76    G   C   G   G   A   U   U   U   A   G   C   U   C          

SEQRES   2 A   76    A   G   U   U   G   G   G   A   G   A   G   C   G          

SEQRES   3 A   76    C   C   A   G   A   C   U   G   A   A  YG   A   U          

SEQRES   4 A   76    C   U   G   G   A   G   G   U   C   C   U   G   U          

SEQRES   5 A   76    G 5MU   U   C   G   A   U   C   C   A   C   A   G

SEQRES   6 A   76    A   A   U   U   C   G   C   A   C   C   A

Модифицированные основания тРНК:

YG            A         37        WYBUTOSINE

5MU         A         54        5-METHYLURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE

Цепь РНК (номера начального и конечного нуклеотидов):

1 – 76

"Insertion codes" нет.

3.      Анализ структуры программой find_pair.

Было найдено 3 спирали:

Helix #1 (13): 1 – 13

Helix #2 (13): 14 – 26

Helix #3 (1):  27

Длина соответственно равна 13, 13 и 1.

GCGGAUU U A GCUCAG UUG G GA GAGCGCCAG A CU GA A YG A U CUGGA GGU C CUGUG5MU U C GAUCCACAGAAUUCGC ACCA

Нуклеотидные пары, найденные программой:

GCGGAUUUAGCUCAGUUGGGAGAGCGCCAGACUGAAYGAUCUGGAGGUCCUGUG5MUUCGAUCCACAGAAUUCGCACCA

4. Исследуемая тРНК.

define helix1 1-7, 49-54, 58, 61-72
define helix2 8, 10-15, 22-30, 32, 33, 36, 38, 40-44, 48
define helix3 19, 56

select helix1
color red

select helix2
color green

select helix3
color magenta

select all

wireframe off
backbone 100

select G1A.O5.*
label 1

select A76A.P
label 76

set fontsize 17

colour label purple

set fontstroke 1

    Анализ структуры РНК:

    Пример внеспирального стекинг - взаимодействия между основаниями.

    Примеры водородных связей между основаниями, не сводящийся к Уотсон-Криковскому спариванию комплементарных оснований:

G4           U69

5MU54   A58

A38         C32

A44         G26.

Спирали исследуемой РНК похожи на спирали A - формы ДНК.

Ширина большой бороздки: 11,32 Å (Аденозин);

Ширина малой бороздки: 15,17 Å (Аденозин);

Число оснований на виток 11.

На рисунке представлены A - форма ДНК, B - форма ДНК и исследуемая РНК.

5.      Посредством программы einverted были найдены инвертированные последовательности РНК.

   RNA: Score 16: 8/10 ( 80%) matches, 0 gaps
         22 gagcgccaga 31
            || | |||||
         48 ctggaggtct 39

   RNA: Score 15: 5/5 (100%) matches, 0 gaps
         49 ctgtg 53
            |||||
         65 gacac 61

GCGGAUUUAGCUCAGUUGGGAGAGCGCCAGACUGAAYGAUCUGGAGGUCCUGUG5MUUCGAUCCACAGAAUUCGCACCA

    Сравнение находок.

    Программа einverted находит последовательности относительно точно, но не полностью. Это объясняется тем, что искомые последовательности фрагментированы. Поэтому выравнивания строятся неполноразмерные.

    Результат работы программы, файл № 2.

На главную страницу третьего семестра