Сравнение давления отбора на разные гены (работа с веб-сервером PAL2NAL)

    С помощью программы blastP был найден гомолог белка GLK_ECOLI с ID 79%.
Были получены аминокислотные последовательности белков и нуклеотидные последовательности их генов.

    Затем было построено попарное выравнивание белка GLK_ECOLI и его гомолога программой Needle. Гены белков были сохранены без выравнивания.

    По данным АС 2 генов, были получены нуклеотидные последовательности и аминокислотные последовательности их белков. Аминокислотные последовательности также были выровнены.

Посредством PAL2NAL были получены выравнивания генов с разбивкой на кодоны PAL2NAL и PAL2NAL 2

и значения K_A/K_S K_A/K_S и K_A/K_S 2 для каждой пары генов.

K_S = 6.6905
K_A = 0.1297
K_A/K_S = 0.0194

K_S = 0.0269
K_A = 0.1733
K_A/K_S = 6.4390

    Чтобы программа посчитала K_A/K_S, нужно установить опции
Remove gaps, inframe stop codons            Yes
Calculate K_S and K_A                                Yes
Remove mismatches                                   No
Use only selected positions                         No.

Первые два белка наверняка гомологи, и это подтверждается исходным составлением этой пары белков.
Identity: 255/323 (78.9%)
Similarity: 285/323 (88.2%)
Вторая пара белков тоже гомологи.
Identity: 112/149 (75.2%)
Similarity: 135/149 (90.6%)

Больше синонимичных замен характерно для первой пары генов и не характерно для второй пары; больше несинонимичных замен характерно для второй пары генов и не характерно для первой пары.
Можно сделать вывод, что в первом случае представлен стабилизирующий отбор эволюции, а во втором случае представлен движущий отбор эволюции.

На главную страницу четвёртого семестра