Функции генов и их продуктов. Онтологии, GO
|
Заданное описание локализации |
Хромосома |
|
Выбранный термин GO и его идентификатор |
chromosome GO:0005694 |
|
Название онтологии GO и его перевод на русский |
Клеточный компонент |
|
Определение термина (в переводе на русский) |
Структура, состоящая из очень длинной молекулы ДНК и ассоциированных белков (например, гистонов), содержащая наследственную информацию. |
|
|
Онтология GO (имя) |
Количество ассоциированных терминов GO |
Краткий ответ на вопрос |
EcoCyc |
|
Где? |
component |
0 |
|
Цитоплазма |
|
Зачем, для чего? |
process |
3 |
Гликолиз Химические пути и реакции, приводящие к диссимиляции монозы (обычно глюкозы) на другие химические соединения, включая пируват. |
Катаболизм углеводов диссимиляция на более простые углеводы |
|
Молекулярный механизм? |
function |
3 + 1 + 1 = 5 |
Глюкокиназная активность Катализ реакции: АТФ + D-глюкоза = АДФ + D-глюкозо-6-фосфат
Киназная активность Катализ передачи фосфатной группы, обычно от АТФ, к молекуле субстрата.
Трансферазная активность Катализ передачи группы, например метильной группы, гликозильной группы, ацильной группа, фосфор-содержащей, или других групп, от одного химического соединения (обычно называемый донором) к другому химическому соединению (обычно называемый акцептором). Трансфераза - это систематическое название для любого фермента класса EC 2. |
Глюкокиназная активность Катализ реакции: АТФ + D-глюкоза = АДФ + D-глюкозо-6-фосфат
β-D-глюкоза + АТФ <=> β-D-глюкозо-6-фосфат + АДФ
диссимиляция трегалозы I, трегалозы II, глюкозы и глюкозо-1-фосфата, гликогена |
|
Специфичность? |
function |
1 + 3 = 4 |
Нуклеотид-связывание Селективное взаимодействие с нуклеотидами, любыми соединениями, состоящими из нуклеозидов, которые связаны с (орто)фосфатом или олигофосфатом любой гидроксильной группы глюкозного компонента.
Связывание АТФ Селективное взаимодействие с АТФ, аденозин 5'-трифосфатом, универсальный важный кофермент и регулятор фермента. |
|
Протеом Caenorhabditis elegans. Результаты поиска в SwissProt, 24.03.2007 г.
|
|
Количество записей |
Запрос |
|
Всего |
3006 |
([swissprot-Organism:Caenorhabditis*] & [swissprot-Organism:elegans*]) |
|
С идентификаторами всех 3-х онтологий GO |
155 |
(([swissprot-Organism:Caenorhabditis*] & [swissprot-Organism:elegans*]) & (([swissprot-DBxref_:P:*] & [swissprot-DBxref_:F:*]) & [swissprot-DBxref_:C:*])) |
|
В том числе Хромосома |
2 |
((([swissprot-Organism:Caenorhabditis*] & [swissprot-Organism:elegans*]) & (([swissprot-DBxref_:P:*] & [swissprot-DBxref_:F:*]) & [swissprot-DBxref_:C:*])) & [swissprot-DBxref_:*Chromosome*]) |
|
В том числе только с самыми хорошими доказательствами функции (коды только IDA или TAS) Хромосома |
0 |
(((([swissprot-Organism:Caenorhabditis*] & [swissprot-Organism:elegans*]) & (([swissprot-DBxref_:P:*] & [swissprot-DBxref_:C:*]) & [swissprot-DBxref_:F:*])) & [swissprot-DBxref_:*Chromosome*]) & (([swissprot-DBxref_:IDA:*] | [swissprot-DBxref_:TAS:*]) ! (((((((((([swissprot-DBxref_:IMP:*] | [swissprot-DBxref_:IGI:*]) | [swissprot-DBxref_:IPI:*]) | [swissprot-DBxref_:RCA:*]) | [swissprot-DBxref_:ISS:*]) | [swissprot-DBxref_:IEP:*]) | [swissprot-DBxref_:NAS:*]) | [swissprot-DBxref_:IEA:*]) | [swissprot-DBxref_:IC:*]) | [swissprot-DBxref_:ND:*]) | [swissprot-DBxref_:NR:*]))) |
|
В том числе те, у которых встречается хотя бы один раз самое хорошее доказательство функции (коды только IDA или TAS) Хромосома |
1 |
(((([swissprot-Organism:Caenorhabditis*] & [swissprot-Organism:elegans*]) & (([swissprot-DBxref_:P:*] & [swissprot-DBxref_:C:*]) & [swissprot-DBxref_:F:*])) & [swissprot-DBxref_:*Chromosome*]) & ([swissprot-DBxref_:IDA:*] | [swissprot-DBxref_:TAS:*])) |
|
В том числе только с самыми хорошими доказательствами функции (коды только IDA или TAS) |
14 |
((([swissprot-Organism:Caenorhabditis*] & [swissprot-Organism:elegans*]) & (([swissprot-DBxref_:P:*] & [swissprot-DBxref_:C:*]) & [swissprot-DBxref_:F:*])) & (([swissprot-DBxref_:IDA:*] | [swissprot-DBxref_:TAS:*]) ! (((((((((([swissprot-DBxref_:IMP:*] | [swissprot-DBxref_:IGI:*]) | [swissprot-DBxref_:IPI:*]) | [swissprot-DBxref_:RCA:*]) | [swissprot-DBxref_:ISS:*]) | [swissprot-DBxref_:IEP:*]) | [swissprot-DBxref_:NAS:*]) | [swissprot-DBxref_:IEA:*]) | [swissprot-DBxref_:IC:*]) | [swissprot-DBxref_:ND:*]) | [swissprot-DBxref_:NR:*]))) |
|
В том числе те, у которых встречается хотя бы один раз самое хорошее доказательство функции (коды только IDA или TAS) |
72 |
((([swissprot-Organism:Caenorhabditis*] & [swissprot-Organism:elegans*]) & (([swissprot-DBxref_:P:*] & [swissprot-DBxref_:C:*]) & [swissprot-DBxref_:F:*])) & ([swissprot-DBxref_:IDA:*] | [swissprot-DBxref_:TAS:*])) |
Белки протеома Caenorhabditis elegans аннотированы ещё недостаточно. Потому что всего аннотировано 3006 белков, из которых лишь 155 с тремя онтологиями GO и 72 из них с хотя бы одним самым хорошим доказательством.
На главную страницу четвёртого семестра