Классификация функций. Коды ферментов.

Код фермента EC 4.1.1.50

EC 4 Лиазы

Лиазы - это ферменты, разрывающие C-C, C-O, C-N и другие связи другими способами, чем гидролизом или окислением. Они отличаются от других ферментов тем, что у них два субстрата участвуют в одном направлении реакции. а единственный субстрат участвует в реакции с противоположным направлением. Действуя на единственный субстрат, фермент образует двойную связь или новый цикл. Систематическое название формируется согласно принципу "группа субстрата - лиаза". Существуют также тривиальные названия, например, декарбоксилаза, альдолаза и др. Название "дегидратаза" используется для ферментов, устраняющих воду. В случаях, когда обратная реакция более важна, чем прямая реакция, или показано, что она единственная, может бать использовано название "синтаза".

EC 4.1 Лиазы C-C связи

Этот подкласс содержит декарбоксилазы (EC 4.1.1), альдегид-лиазы, катализирующие обращение альдольной конденсации (EC 4.1.2), и оксо-кислотныей лиазы, катализирующие диссоциацию 3-гидроксикислот (EC 4.1.3), или обратные реакции.

EC 4.1.1 Декарбоксилазы

EC 4.1.1.50 Аденозилметионин декарбоксилаза

EC 4.1.1.50

Название: аденозилметионин декрбоксилаза

Реакция: S-аденозил-L-метионин = (5-деокси-5-аденозил)(3-аминопропил)метилсульфониевая соль + CO₂

Другие названия: S-аденозилмитионин декарбоксилаза; S-аденозил-L-метионин декарбоксилаза; S-аденозил-L-метионин карбокси - лиаза

Названия по номенклатуре: S-аденозил-L-метионин карбокси - лиаза [(5-деокси-5-аденозил)(3-аминопропил)метилсульфониевую - соль - образующий]

Комментарии: Белок Escherichia coli содержит пирувиольную группу.

Схема катализируемой реакции.

Сравнение последовательностей ферментов с одинаковым кодом из эволюционно далеких организмов.

Сравнение доменной структуры ферментов из далеких организмов.

По запросу "([swissprot-ECNumber:4.1.1.50*] & (([swissprot-ID:*HUMAN*] | [swissprot-ID:*ECOLI*]) | [swissprot-ID:*METJA*]))" были найдены 3 белка с EC кодом 4.1.1.50из организмов человека, кишечной палочки Escherichia coli K-12 и археи Methanococcus jannaschii.

	UniProt ID	UniProt AC	Имя гена	Первый домен
	UniProt ID	UniProt AC	Имя гена	Идентификатор Pfam	Положение в последовательности
1	DCAM_HUMAN	P17707	AMD1	PF01536	2 – 329
2	SPED_ECOLI	P0A7F6	SPED	PF02675	7 – 113
3	SPEH_METJA	Q57763	SPEH	PF02675	7 – 113

    Найденные белки содержат ровно по одному домену, причём лишь у второго и третьего белков совпадают домены. Поэтому есть смысл строить выравнивание исключительно для доменов второго и третьего белков. Хотя функции найденных доменов всех 3 белков практически одинаковые, и белки относятся к одной разновидности ферментов, с одним EC кодом.

    Оценка сходства последовательностей аминокислот в гомологичных доменах осуществлялась методами попарного выравнивания, построенного программой NeedleP и построенного Pfam по исследуемому домену.
    Попарное выравнивание доменов белков SPED_ECOLI и SPEH_METJA программой NeedleP.
    Попарное выравнивание доменов белков SPED_ECOLI и SPEH_METJA по базе данных Pfam.

    По результатам работы программы NeedleP процент идентичности аминокислотных последовательностей доменов белков SPED_ECOLI и SPEH_METJA равен 11,6%, а процент схожести равен 21,3%.
    По результатам базы данных Pfam процент идентичности аминокислотных последовательностей доменов белков SPED_ECOLI и SPEH_METJA равен 21%.

Домены белков эволюционно далёких организмов, выполняющие одинаковые функции, не очень сильно схожи по аминокислотным последовательностям.

На главную страницу четвёртого семестра