Классификация функций. Коды ферментов.

 

    Код фермента EC 4.1.1.50

 

    EC 4 Лиазы

Лиазы - это ферменты, разрывающие C-C, C-O, C-N и другие связи другими способами, чем гидролизом или окислением. Они отличаются от других ферментов тем, что у них два субстрата участвуют в одном направлении реакции. а единственный субстрат участвует в реакции с противоположным направлением. Действуя на единственный субстрат, фермент образует двойную связь или новый цикл. Систематическое название формируется согласно принципу "группа субстрата - лиаза". Существуют также тривиальные названия, например, декарбоксилаза, альдолаза и др. Название "дегидратаза" используется для ферментов, устраняющих воду. В случаях, когда обратная реакция более важна, чем прямая реакция, или показано, что она единственная, может бать использовано название "синтаза".

    EC 4.1 Лиазы C-C связи

Этот подкласс содержит декарбоксилазы (EC 4.1.1), альдегид-лиазы, катализирующие обращение альдольной конденсации (EC 4.1.2), и оксо-кислотныей лиазы, катализирующие диссоциацию 3-гидроксикислот (EC 4.1.3), или обратные реакции.

    EC 4.1.1 Декарбоксилазы

    EC 4.1.1.50 Аденозилметионин декарбоксилаза

 

   EC 4.1.1.50

     Название: аденозилметионин декрбоксилаза

    Реакция: S-аденозил-L-метионин = (5-деокси-5-аденозил)(3-аминопропил)метилсульфониевая соль + CO2

    Другие названия: S-аденозилмитионин декарбоксилаза; S-аденозил-L-метионин декарбоксилаза; S-аденозил-L-метионин карбокси - лиаза

    Названия по номенклатуре: S-аденозил-L-метионин карбокси - лиаза [(5-деокси-5-аденозил)(3-аминопропил)метилсульфониевую - соль - образующий]

    Комментарии: Белок Escherichia coli содержит пирувиольную группу.

 

    Схема катализируемой реакции.

 

    Сравнение последовательностей ферментов с одинаковым кодом из эволюционно далеких организмов.

 

Сравнение доменной структуры ферментов из далеких организмов.

    По запросу "([swissprot-ECNumber:4.1.1.50*] & (([swissprot-ID:*HUMAN*] | [swissprot-ID:*ECOLI*]) | [swissprot-ID:*METJA*]))" были найдены 3 белка с EC кодом 4.1.1.50из организмов человека, кишечной палочки Escherichia coli K-12 и археи Methanococcus jannaschii.


 

UniProt ID

UniProt AC

Имя гена

Первый домен

Идентификатор Pfam

Положение в последовательности

1

 DCAM_HUMAN

 P17707

AMD1

 PF01536

 2 –  329

2

 SPED_ECOLI

 P0A7F6

SPED

 PF02675

 7 – 113

3

 SPEH_METJA

 Q57763

SPEH

 PF02675

 7 – 113










    Найденные белки содержат ровно по одному домену, причём лишь у второго и третьего белков совпадают домены. Поэтому есть смысл строить выравнивание исключительно для доменов второго и третьего белков. Хотя функции найденных доменов всех 3 белков практически одинаковые, и белки относятся к одной разновидности ферментов, с одним EC кодом.

    Оценка сходства последовательностей аминокислот в гомологичных доменах осуществлялась методами попарного выравнивания, построенного программой NeedleP и построенного Pfam по исследуемому домену.
    Попарное выравнивание доменов белков SPED_ECOLI и SPEH_METJA программой NeedleP.
    Попарное выравнивание доменов белков SPED_ECOLI и SPEH_METJA по базе данных Pfam.

    По результатам работы программы NeedleP процент идентичности аминокислотных последовательностей доменов белков SPED_ECOLI и SPEH_METJA равен 11,6%, а процент схожести равен 21,3%.
    По результатам базы данных Pfam процент идентичности аминокислотных последовательностей доменов белков SPED_ECOLI и SPEH_METJA равен 21%.

    Домены белков эволюционно далёких организмов, выполняющие одинаковые функции, не очень сильно схожи по аминокислотным последовательностям.

 

На главную страницу четвёртого семестра


©Дмитрий