Мембранные белки

 

    Построение выравнивания исследуемого белка и заданного прототипа

      Были найдены и сравнены две аминокислотные последовательности белка прототипа по базам данных PDB (1VF5, chain A) и UniProt (P83791). Полученные последовательности отличаются друг от друга. Аминокислотная последовательность белка из базы данных PDB не содержит первые 12 и заключительную аминокислоты последовательности из базы данных UniProt.

Выравнивание двух аминокислотных последовательностей белка прототипа.

По идентификатору UniProt Q4FFV8 была получена последовательность исследуемого белка. Она оказалась идентична последовательности белка прототипа на 79%.

Выравнивание аминокислотных последовательностей исследуемого белка и белка прототипа.

 

    Разметка мембранных сегментов на выравнивании

      По идентификатору PDB белка прототипа было найдено описание ориентации белка в мембране в базе данных OPM (Orientations of Proteins in Membranes database).

Результат разметки мембранных сегментов на выравнивании по данным базы данных OPM представлен на странице Marking.html.

Символ "H" обозначает трансмембраный участок белка, символ "+" обозначает цитоплазматическую петлю белка.

 

    Предсказание топологии заданного белка с помощью наиболее популярной программы (TMHMM)

      Посредством сервера TMHMM была предсказана топология исследуемого белка. Результат преставлен на странице result.html.

Выранивание представлено в файле Marking2.html и файле формата Clustal Marking2.aln.

 

    Оценка качества предсказания

      Полученное предсказание было сравнено с данными OPM.

Результаты предсказания топологии мембранного белка Q4FFV8.

 

Предсказание сервера TMHMM

Число а.к. остатков

Всего а.к. остатков

 213

Остатки, предсказанные как локализованные в мембране (всего)

 92

Правильно предсказали (true positives, TP)

 78

Предсказали не то, что нужно (а.о. предсказаны как мембранные, а по данным ОРМ таковыми не являются, false positives, FP)

 14

Правильно не предсказали (не предсказаны, и по данным ОРМ не находятся в мембране, true negatives, TN)

 115

Не предсказали то, что нужно (остатки по данным ОРМ находятся в мембране, false negatives, FN)

 6

Чувствительность (sensivity) = TP / (TP+FN)

 0,929

Специфичность (specificity) =  TN / (TN+FP) 

 0,891

Точность (precision) = TP / (TP+FP)                       

 0,848

Сверхпредсказание = FP / (FP+TP)     

 0,152

Недопредсказание = FN / (TN+FN)                                           

 0,05

      Качество предсказания топологии белка достаточно большое, трансмембранные участки определены, но их границы не совпадают с соответствующими границами, определёнными по базе данных OPM.

 

На главную страницу четвёртого семестра

©Дмитрий