Отчет студента Сорокина Максима группы П-3 за первый блок первого семестра курса биоинформатики

1)Полное название белка ribonucleoside diphosphate reductase 1, alpha subunit (из файла h:\term1\practice2\ecoli.embl)

2)Краткое название белка RIR1_ECOLI (дано преподователем)

3)Название гена nrdA (дано преподавателем)

4)Номер локуса в бактериальной хромосоме b2234 (дано преподавателем)

5)Полный путь к файлу, в котором записана аминокислотная последовательность белка RIR1_ECOLI в формате FASTA:
h:\term1\practice2\rir1_ecoli.fasta

6)Длина последовательности в аминокислотных остатках:762 (подсчет с помощью Excel, см. книгу AA.xls, лист "aa_freq")

7)Аминокислотный состав RIR1_ECOLI в долях (подсчет с помощью Excel, см. книгу AA.xls, лист "aa_freq")
A (аланин) 			0,081
C (цистеин)			0,014
	
D (аспарагиновая кислота)	0,067

E (глутаминовая кислота)	0,060

F (фенилаланин)		0,037

G (глицин)			0,063

H (гистидин)			0,026

I (изолейцин)			0,066
  	
L (лейцин)			0,098

K (лизин)			0,055

M (метионин)			0,021

N (аспарагин)			0,046

P (пролин)			0,041

Q (глутамин)			0,043

R (аргинин)			0,052

S (серин)			0,063

T (треонин)			0,054

V (валин)			0,051

W (триптофан)			0,0066

Y (тирозин)			0,054

8)Молекулярная масса белка RIR1_ECOLI: 85901,75 г/моль (подсчет с помощью Excel, см. книгу rir1_ecoli.xls, лист "MW")

9)Относительное содержание гидрофобных и гидрофильных аминокислотных остатков в белке RIR1_ECOLI,
протеоме Escherichia coli K-12 и в транспортных белках класса ТС.2.А:
RIR1_ECOLI: 0,90
протеоме Escherichia coli K-12: 1,10
транспортных белках класса ТС.2.А: 7,37
Было вычислено отношение процентного содержания гидрофобных аминокислотных остатков к гидрофильным.
Аминокислотные остатки были разделены на гидрофильные и гидрофобные по результатам сравнения данных трех таблиц гидрофобности.

Мои впечатления от полученных результатов:
1.В транспортном белке TC.2.A более чем в семь раз больше гидрофобных аминокислотных остатков,возможно,
это означает,что этот белок выполняет транспорт гидрофобных молекул,например,липидов.
2.В RIR1_ECOLI гидрофильных аминокислот больше,что,возможно,связано с тем что этот белок - фермент.
3.Исходя из полученных данных,можно сказать,что данные белки будут иметь также разную пространственную структуру,что 
опять же тесно связано с выполняемой ими функцией. 
(подробно см. книгу rir1_ecoli.xls, лист "HPhob").
10)Средний электрический заряд RIR1_ECOLI 
при рН=1 равен 101,91   
при рН=7 равен -12,70
при рН=8 равен -18,80
(подсчет с помощью Excel, см. книгу rir1_ecoli.xls, лист "Mean_Charge")

11)Качественное сравнение аминокислотного состава белка RIR1_ECOLI,
среднего состава протеома E.coli и равномерного распределения 

Отличия среднего аминокислотного состава протеома кишечной палочки от равномерного распределения аминокислотных остатков:
1.в протеоме кишечной палочки существенно повышено содержание лейцина,глицина и аланина.
2.в протеоме кишечной палочки существенно понижено содержание цистеина,триптофана,гистидина.

Отличия среднего аминокислотного состава RIR1_ECOLI от равномерного распределения аминокислотных остатков:                                            
1.в RIR1_ECOLI существенно повышено содержание лейцина,аланина,аспарагиновой кислоты.
2.в RIR1_ECOLI существенно понижено содержание цистеина,триптофана,метионина,гистидина.

Таким образом RIR1_ECOLI отличается от протеома по колличеству следующих аминокислот:
-валин (данного остатка больше в протеоме E.coli)
-тирозин (данного остатка больше в RIR1_ECOLI)
В остальном, аминокислотный состав белка совпадает с аминокислотным составом протеома E.coli (различия в содержании а/к не более 1,5%).
(данные из книги rir1_ecoli.xls, лист "Comparisson")