Установлены следующие параметры для MEME:
В результате получили: LOGO
Наглядно показано, какие нуклеотиды входят в найденный мотив.
Какой вклад в вес мотива внес тот или иной нуклеотид показывает PSSM(Position-Specific Scoring Matrix):
| A | C | G | T | +weght | |
| 1 | -997 | 160 | -20 | -143 | C | 2 | -997 | -997 | 212 | -997 | G | 3 | 57 | 38 | -120 | -43 | M | 4 | 189 | -997 | -997 | -997 | A | 5 | 189 | -997 | -997 | -997 | A | 6 | 115 | 38 | -997 | -143 | M | 7 | -997 | 212 | -997 | -997 | C | 8 | -997 | -997 | 212 | -997 | G | 9 | 15 | -997 | -997 | 138 | W | 10 | -997 | -997 | -997 | 138 | T | 11 | -997 | -997 | -997 | 189 | T | 12 | -997 | -997 | 160 | 15 | K | 13 | -997 | 197 | -120 | -997 | C | 14 | -43 | 80 | -120 | 15 | Y | 15 | -997 | -997 | -997 | 189 | T | 16 | -997 | -20 | -20 | 115 | W |
В таблице ниже приведены характеристики мотива в каждой последовательности.
| Name | Strand | Start | P-value | Sites |
| purM | + | 121 | 1.27e-09 | AAAGCAGTCT CGCAAACGTTTGCTTT CCCTGTTAGA |
| codB | + | 118 | 5.94e-09 | TATTTCCCCA CGAAAACGATTGCTTT TTATCTTCAG |
| cvpA | + | 129 | 1.09e-08 | GAAATCCCTA CGCAAACGTTTTCTTT TTCTGTTAGA |
| purE | + | 114 | 1.21e-08 | TTCACAGCCA CGCAACCGTTTTCCTT GCTCTCTTTC |
| purR | - | 138 | 2.07e-08 | AAAATCGCAA GGTAAACGTTTGCCTT TACACACCTT |
| pyrC | - | 132 | 2.89e-08 | AAAGGATAAG CGGAAACGTTTTCCTT TGCACGAAAA |
| guaB | - | 107 | 1.50e-07 | TTATACAGAG CGTAACCGATTGCATC TACCCCTTTT |
| purA | + | 79 | 3.66e-07 | TACATGTTGA GGAAAACGATTGGCTG AACAAAAAAC |
| glnB | - | 116 | 4.39e-07 | ATTCATTCCT TGAAATCGTTTGCATC CAGCTCGTGT |
Исходные последовательности с подчеркнутыми мотивами:
>codB
catgctcagatgcctgatgcgacgctgacgcgtcttatcaggcctacccactgtttttacaccgataattt
ttcccccacctttttgcactcattcatataaaaaatatatttccccacgaaaacgattgctttttatcttc
agatgaatagaatgcggcggattttttgggtttcaaacagcaaaaagggggaatttcg
>purE
tggtactgggtgcctggcatacggaaggttcaatggtgaaagtcacggcggatgacgttgagctgattcat
tttccgttttaaaaaacccgcaactttgctgatttcacagccacgcaaccgttttccttgctctctttccg
tgctattctctgtgccctctaaagccgagagttgtgcaccacaggagttttaagacgc
>pyrC
gcgaagatggcagccagggcgaagcaatggcgaaaaaactggcgaaaggcattgaagtgaagccaggcga
aattgtcattccatttactgattaatcacgagggcgcattcgcgccctttatttttcgtgcaaaggaaaac
gtttccgcttatcctttgtgtccggcaaaaacatcccttcagccggagcatagagatta
>purR
ttaccacttccccttttcgtcaagatcggccaaaattccacgcttacactatttgcgtactggccattga
ccccttcctgacgctccgtgtcgtttttccggcgtaccgcaacacttttgttgtgcgtaaggtgtgtaaa
ggcaaacgtttaccttgcgattttgcaggagctgaagttagggtctggagtgaaatggaa
>cvpA
cgtaggtcggataaggcgtttacgccgcatccgacacgcattgcccgatgccgcaaaggcataaaaagtc
gatggcgttgaatattttttcagcgccatttttattgatgcgcgggaaggaaatccctacgcaaacgtttt
ctttttctgttagaatgcgccccgaacaggatgacagggcgtaaaatcgtgggacacat
>purM
atattcagatggttatgaaagaagattattccatccgaaaactaacctttaccctggcacaagtcttctt
tcgccgcgcgcctggggaaaagacgtgcaaaaaggttgtgtaaagcagtctcgcaaacgtttgctttccct
gttagaattgcgccgaattttatttttctaccgcaagtaacgcgtggggacccaagcag
>guaB
actaacggtaaaaattgcaggggattgagaaggtaacatgtgagcgagatcaaattctaaatcagcaggt
tattcagtcgatagtaacccgcccttcggggatagcaagcattttttgcaaaaaggggtagatgcaatcg
gttacgctctgtataatgccgcggcaatatttattaaccactctggtcgagatattgccc
>glnB
aactcaactatttgcgtaagctgctgcaaatcaccaaaggcaacgtcacccacgcggcgagaatggcggg
gcgcaaccggacagaattttataaactgctttcccgacacgagctggatgcaaacgatttcaaggaatga
attggcgttatgtgttacgtttagcagatcaaaagacaggcgaccttttcaaggaatagc
>purL
aggtttactcataaatgagcggcattttgcgtaaacctgcgccagatggcaacttattacagccattggc
ggcacgcgttgctaattcacgatggtgattttatttccacgcaaacggtttcgtcagcgcatcagattct
ttataatgacgcccgtttcccccccttgggtacaccgaaagcttagaagacgagagactt
>purA
accaatttgcccgataatattttacgtcgttttggcggtggacttgtggttgcgggcgttgtggtctact
acatgttgaggaaaacgattggctgaacaaaaaacagactgatcgaggtcatttttgagtgcaaaaa
gtgctgtaactctgaaaaagcgatggtagaatccatttttaagcaaacggtgattttgaaaaa
Сравнение результатов с реальными сайтами PurR.
MEME нашел мотивы во всех заданных последовательностях.
Итоги:
10 мотивов
всего 10 последовательностей
правильных предсказаний: 9 (неверно определен PurA);
Считая, что реальный сайт предсказан верно, если он пересекается с предсказанием по 8 или более нуклеотидам,
найдем следующие характеристики:
чувствительность: 0,9
специфичность: 0,9