На странице UniProt с описанием белка ASPA_Ecoli переходим по гиперссылке "Complete GO annotation..." на страницу браузера QuickGO EBI.
По данной аннотации заполнена таблица:
| Онтология GO (название словаря) | Количество разных ассоциированных терминов GO | Функция белка (краткое описание, близкое к тексту определения термина(ов) GO |
|
|---|---|---|---|
| Где? | Cellular Component | 2 | Цитозоль - часть цитоплазмы, не содержащая органелл, но содержащая другие вещества, такие как белковые комплексы
Мембрана - двойной молекулярный липидный слой, окружающий все клетки, и, у эукариот, многие органеллы. Возможен одинарный или двойной липидный бислой. В мембране содержатся связанные с ней белки.
|
| Зачем, для чего? | Biological Process | 2 | Метаболизм аспартата: химические реакции и пути, с участием аспартата, аниона аспарагиновой кислоты, 2-аминобутандиовая кислота.
Цикл трикарбоновых кислот: почти универсальный метаболический путь, в котором ацетил-КоА эффективно окисляется до двух молекул СО2 с переносом 4 пар электронов. В результате взаимодействия ацетильной группы с оксалоацетатом образуется цитрат, который подвергается успешным трансформациям в изоцитрат, 2-оксоглутарат, сукцинил-КоА, сукцинат, фумарат, малат и снова оксалоацетат, тем самым, завершая цикл. В эукариотических клетках цикл трикарбоновых кислот локализован в митохондриях. |
| Молекулярный механизм? | Molecular Function | 4 | Каталитическая активность: катализ биохимических реакций при физиологической температуре. В биологически катализируемых реакциях реагенты называются субстратами, катализатором обычно является макромолекулярное вещество, называемое ферментом.
Фермент обладает специфическим сайтом связывания с субстратом и обычно состоят большей частью или полностью из белков, но РНК, которая обладает каталитической активностью(рибозимы), также часто относят к ферментам.
Лиазная активность: катализ расщепления связей C-C, C-O, C-N и др., имеющий иной механизм, по сравнению с гидролизом или окислением, или, наоборот, присоединение какой-либо группы по двойной связи. Отличие лиаз от других ферментов заключается в том, что реакция в одном направлении проходит с участием двух субстратов, в другом направлении - только с одним субстратом. Когда фермент взаимодействует с одним субстратом, молекула элиминируется, что приводит к образованию новой двойной связи или новому циклу. Связывание с белком: взаимодействие селективно и нековалентно с каким-либо белком или белковым комплексом(комплекс из 2 и более белков, может содержать небелковые молекулы). Аспартат аммоний-лиазная активность: катализ реакции расщепления L-аспартата на фумарат и аммиак |
| Специфичность? | Molecular Function | 1 | Аспартат аммония |
| GO ID выбранного термина | Список синонимов | Список ближайших родительских терминов GO с указанием типа связи | Список ближайших дочерних терминов GO с указанием типа связи |
|---|---|---|---|
| 0006531 | aspartate metabolism (метаболизм аспартата) |
GO:0009066 aspartate family amino acid metabolic process (метаболизм семейства аспарагиновых аминокислот) тип связи "_is_a" |
GO:0006533 aspartate catabolic process(катаболизм аспартата) тип связи "_is_a"
GO:0006532
GO:0019550
GO:0019355 изображение графа родительских, дочерних терминов и терминов-сибсов |
| 0008797 | 1. aspartase activity(аспартатная активность), 2. fumaric aminase activity(см.4), 3. L-aspartase activity (L-аспартатная активность), 4. L-aspartate ammonia-lyase (fumarate-forming/L-аспартат аммоний-лиаза), 5. L-aspartate ammonia-lyase activity(L-аспартат аммоний-лиазная активность) |
GO:0016841 ammonia-lyase activity (аммоний-лиазная активность) тип связи "_is_a" изображение графа родительских, дочерних терминов и терминов-сибсов |
--- |
| 0005829 | --- | GO:0044444 cytoplasmic part (цитоплазматическая область) тип связи "_is_a" |
GO:0044445 cytoplasmic part (цитоплазматическая область) тип связи "_part_of" изображение графа родительских, дочерних терминов и терминов-сибсов |
"А_is_В" - означает, что А - часть В.
"A_part_of_B" означает, что А - часть В, но В не обязательно содержит А.
Латинское название - Oryza L. Английское название - Rice Русское название - Рис
На сайте NCBI в БД Taxonomy определили для Oryza L.
ранг таксона: род идентификатор (NCBI_TaxID): 4527.
Изучим в SRS поле ProteinExistence БД UniProt:
1: evidence at protein level (Экспериментальные данные о существовании белка) 2: evidence at transcript level (Экспериментальные данные о существовании транскрипта, существование белка строго не доказано) 3: inferred from homology (Гипотетический белок, предсказан по гомологии) 4: predicted (Иные предсказанные гипотетические белки) 5: uncertain (Сомнительное существование белка)
| Количество в UniProt | UniProt, % | |
|---|---|---|
| Существование белка доказано экспериментально | 385 | 0,26 |
| Известны только соответствующие транскрипты | 16065 | 10,97 |
| Гипотетический белок, предсказан по гомологии | 9596 | 6,56 |
| Иные предсказанные гипотетические белки | 120394 | 82,21 |
| Количество в SwissProt | SwissProt, % | |
|---|---|---|
| Существование белка доказано экспериментально | 275 | 9,2 |
| Известны только соответствующие транскрипты | 2001 | 66,4 |
| Гипотетический белок, предсказан по гомологии | 724 | 24,0 |
| Иные предсказанные гипотетические белки | 13 | 0,4 |
Полученные данные показывают, что число белков, существование которых подтверждено экспериментально,
незначительно по сравнению с транскриптами или гипотетическими белками, что особенно выражено в БД UniProt,
за счет большого количества гипотетических белков, предсказанных без обращения к гомологии. Даже транскриптов известно всего лишь порядка 10%.
Что касается БД SwissProt, то здесь количество "сомнительных" белков значительно меньше, что и улучшает общие показатели.
Коды экспериментального доказательства функции: # EXP: Inferred from Experiment # IDA: Inferred from Direct Assay # IPI: Inferred from Physical Interaction # IMP: Inferred from Mutant Phenotype # IGI: Inferred from Genetic Interaction # IEP: Inferred from Expression Pattern Запрос: Taxonomy: Oryza ProteinExistence 1: evidence at protein level DBxref_ (*GO*)&(*P:*)&(*F:*)&(*C:*)&(EXP:|IDA:|IPI:|IMP:|IGI:|IEP:) Если в запрос включить транскрипты, результат остается прежним. ((([uniprot-Taxonomy:Oryza*] & ((((([uniprot-ProteinExistence:1:*] & [uniprot-ProteinExistence:evidence*]) & [uniprot-ProteinExistence:at*]) & [uniprot-ProteinExistence:protein*]) & [uniprot-ProteinExistence:level*]) | [uniprot-ProteinExistence:1: evidence at protein level*])) & (((([uniprot-DBxref_:*GO*] & [uniprot-DBxref_:*P:*]) & [uniprot-DBxref_:*F:*]) & [uniprot-DBxref_:*C:*]) & ((((([uniprot-DBxref_:EXP:*] | [uniprot-DBxref_:IDA:*]) | [uniprot-DBxref_:IPI:*]) | [uniprot-DBxref_:IMP:*]) | [uniprot-DBxref_:IGI:*]) | [uniprot-DBxref_:IEP:*])))
В результате получено 30 записей
Такое небольшое количество аннотированых по трем онтологиям белков с подтвержденной экспериментально функцией(< 8% ), вероятно, связано с недостаточной изученностью белков и временными затратами на экспериментальные подтверждения.биосинтез пиримидинов(англ. pyrimidine biosynthesis).Поиск среди всех терминов GO на сайте консорциума Gene Ontology не дал результатов именно биосинтеза пиримидинов, но выдал различные находки по биосинтезу пиримидиновых оснований, нуклеотидов и т.п.
GO: 0019856(pyrimidine base biosynthetic process) Ontology: Biological process
Осуществили поиск в SRS:
запрос ([uniprot-DBxref_:GO:0019856*] & [uniprot-Taxonomy:Oryza*])В результате найдено 3 белка ( получить последовательность ).
GO:0004151; F:dihydroorotase activity; IEA*:InterPro. GO:0046872; F:metal ion binding; IEA:UniProtKB-KW. GO:0019856; P:pyrimidine base biosynthetic process; IEA:InterPro. *ссылка на электронную аннотацию других БД.найденные белки относятся к семейству дегидротаз, для Q0JJD1_ORYSJ известен транскрипт, A2WV09_ORYSI и Q94J38_ORYSJ - гипотетические белки по гомологии.
Параметры поиска:
Available GO gene-association databases & commonly used gene collections: goa_uniprot; Maximal p-value in GO output list: 0.01.
Список выданных терминов(28 терминов):
GO:0005515 2.84e-08 GO:0009435 9.13e-07 GO:0019674 9.13e-07 GO:0019363 1.24e-06 GO:0005886 2.09e-05 GO:0006769 3.52e-05 GO:0019362 3.72e-05 GO:0006733 8.57e-05 GO:0033692 0.000338 GO:0000271 0.000643 GO:0044264 0.000882 GO:0005976 0.00107 GO:0043284 0.00288 GO:0005624 0.0031 GO:0000267 0.0031 GO:0042364 0.0031 GO:0044262 0.0032 GO:0018055 0.0032 GO:0009110 0.0032 GO:0044238 0.0032 GO:0009058 0.00405 GO:0044237 0.00405 GO:0006767 0.00497 GO:0006766 0.00584 GO:0016740 0.0059 GO:0009080 0.00771 GO:0006524 0.00771 GO:0006732 0.00771
Чем меньше P-value, тем ниже вероятность, что частота термина GO близка к его частоте в случайной выборке терминов. При переходе от 8 к 9 термину значение P-value резко возрастает, это признак порогового значения.
Самыми перепредставленными являются белки GO:0005515, GO:0009435, GO:0019674, GO:0019363, GO:0005886, GO:0006769, GO:0019362, GO:0006733.
Заполним для них таблицу:
| GO ID | Term | Ontology | Definition | P-value |
|---|---|---|---|---|
| 0005515 | protein binding | molecular function | Селективное и нековалентное связывание с любым белком или белковым комплексом | 2.84e-08 |
| 0009435 | NAD biosynthetic process | biological process | Химические реакции и пути, в результате которых формируется никотинамид-аденин-динуклеотид(NAD), кофермент, присутствующий в большинстве живых клеток, образован из витамин В никотиновой кислоты; биосинтез возможен из NAD и NADH | 9.13e-07 |
| 0019674 | NAD metabolic process | biological process | Химические реакции и пути с участием никотинамид-аденин-динуклеотида(NAD), кофермента, присутствующего в большинстве живых клеток, образованного из витамин В никотиновой кислоты | 9.13e-07 |
| 0019363 | pyridine nucleotide biosynthetic process | biological process | Химические реакции и пути, в результате которых формируется пиридиновый нуклеотид, пиридиновое производное в качестве азотистого основания. | 1.24e-06 |
| 0005886 | plasma membrane | cellular component | Мембрана, окружающая клетку, отделяющая клетку от внешней среды; состоит из фосфолипидного бислоя и связанных с ним белков. | 2.09e-05 |
| 0006769 | nicotinamide metabolic process | biological process | Химические реакции и пути с участием никотинамида, пиридин-3-карбоксиамида, амида никотиновой кислоты. Является частью В комплекса витаминов, широко распростанен в живых организмах | 3.52e-05 |
| 0019362 | pyridine nucleotide metabolic process | biological process | Химические реакции и пути с участием пиридинового нуклеотида, пиридиновое производное, являющееся азотистым основанием | 3.72e-05 |
| 0006733 | oxidoreduction coenzyme metabolic process | biological process | Химические реакции и пути, включающие добавление необходимых коферментов к ферменту и субстрату для успешного прохождения окислительно-восстановительной реакции | 8.57e-05 |
В списке доминирующей функцией является селективное нековалентное связывание с белковым комплексом или белком.
Белки находятся в плазматической мембране, участвуют в биологических процессах, таких как биосинтез и метаболизм NAD и пиридиновых нуклеотидов.
