Для построения дерева было выбрано 8 видов протеобактерий. Информация о них представлена в Таблице ниже.
Мнемоника | Название | Таксономическая принадлежность |
ACICJ | Acidiphilium cryptum | Bacteria; Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Rhodospirillales; Acetobacteraceae; Acidiphilium |
THIDA | Thiobacillus denitrificans | Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Nitrosomonadales; Thiobacillaceae; Thiobacillus |
BORPE | Bordetella pertussis | Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Burkholderiales; Alcaligenaceae; Bordetella |
POLAQ | Polynucleobacter asymbioticus | Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Burkholderiales; Burkholderiaceae; Polynucleobacter |
SACD2 | Saccharophagus degradans | Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Cellvibrionales; Cellvibrionaceae; Saccharophagus |
SERP5 | Serratia proteamaculans | Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacterales; Yersiniaceae; Serratia |
YERPE | Yersinia pestis | Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacterales; Yersiniaceae; Yersinia; Yersinia pseudotuberculosis complex |
PSEAE | Pseudomonas aeruginosa | Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Pseudomonadales; Pseudomonadaceae; Pseudomonas; Pseudomonas aeruginosa group |
Для получения изображения дерева была написана его скобочная форма, которая затем была сохранена в файл с расширением .tre и открыта в программе MEGA X. Полученное изображение представлено
на рисунке 1.
1. "Diversity and evolution of the green fluorescent
protein family", Y. A. Labas. DOI: 10.1073/pnas.062552299
2. В данной статье сообщается об обнаружении 11 GFP-подобных белков в различных организмах ( Scolumia cubensis, Condylactis gigantea и т.д.), предлагается их
классификация (в частности, на основании испускаемого ими цвета - зелёного, красно-оранжевого, жёлтого или сине-фиолетового), а также проводится их филогенетический анализ.
GFP - белок,
впервые выделенный из медузы Aequorea victoria, и обладающий флюоресцирующей активностью, в результате чего его широко применяют в молекулярной и клеточной биологии при изучении
экспрессии белков или расположения определённого белка в клетке.
3. Филогенетическое дерево было построено с помощью метода максимального правдоподобия. За аутгруппу брались 4 GFP-подобных белка (на дереве выделены чёрным), выделенных
из представителей подкласса Восьмилучевых
кораллов (Alcyonaria),
в то время как все изучаемые GFP-подобные белки принадлежали представителям таксона Zoantaria (отряд из подкласса Шестилучевые кораллы). Дерево представлено на рисунке 2 (соответствует Fig.3
в статье). Авторы отмечают необычное расположение аутгрупп на полученном дереве и делают вывод, что четыре группы GFP-подобных белков (на дереве обозначены A,B,C,D) образовались
раньше, чем произошло разделение таксонов Alcyonaria и Zoantaria. Также авторы указывают на относительно недавнее разделение этих белков по цвету, который они испускают.