KEGG

1. Получен номер 00280, метаболический путь под этим номером представлен на Рис.1

Рис.1. Метаболический путь деградации аминокислот валина, лейцина и изолейцина.

2. Была выбрана реакция R02765. Отмеченную реакци можно видеть на Рис.2.

Рис.2. Выбранная реакция.

3.Выбранная реакция состоит в превращения R-формы метилмалонил-коА в S-форму метилмалонил-коА, то есть в пространственной изомеризации метилмалонил-коА. Формулу реакции можно увидеть на Рис.3

Рис.3. Формула реакции.

4. Реакция катализируется ферментом метилмалонил-коА/этилмалонил-коА эпимеразой.
5. Классификация фермента - 5.1.99.1. Первый уровень номенклатуры (5) указывает на принадлежность фермента к изомеразам, второй уровень (1) даёт информацию о том, что фермент принадлежит к рацемазам или эпимеразам (ферментам, осуществляющим образование стереоизомеров). Третий уровень классификации (99) определяет субстрат, с которым работает конкретный фермент - в нашем случае это категория "Другое", то есть субстраты, не указанные в предыдущих 98 пунктах. Последний уровень классификации уже говорит точное название фермента.
6.Были выбраны 2 организма - макака-резус Macaca mulatta и трихоплакс Trichoplax adhaerens. Метаболические пути этих организмов изображены на Рис.4 и Рис.5.

Рис.4. Метаболический путь деградации аминокислот валина, лейцина и изолейцина у Macaca mulatta.


Рис.5. Метаболический путь деградации аминокислот валина, лейцина и изолейцина у Trichoplax adhaerens

7. У макаки-резуса Macaca mulatta 24428 генов и 339 метаболических путей в базе KEGG.