Описание протодезоксивиолацеинатмонооксигеназы из генома бактерии Chromobacterium violaceum ATCC 12472.
В данном практикуме мы изучали геномный браузер NCBI, базу данных UniProt и создавали страницу для белка с использованием HTML.
Что за белок и с чем его едят
Данный белок является одним из ферментов, принимающих участие в биосинтезе виолацеина - антибиотика, и по совместительству пигмента, придающего фиолетовую окраску бактерии-производителю. Информацияя о белке приведина в Таблице 1
| Идентификатор белка | AAQ60935.1 |
|---|---|
| Идентификатор генома | AE016825.1 |
| Название белка | Protodeoxyviolaceinate monooxygenase |
| Координаты гена в геноме | 3559549..3560670 |
| Длина гена (п.н.) | 1122 |
| Цепь | Обратная |
| Длина белка (а.о.) | 373 |
Чтобы скачать последовательность белка перейдите по ссылке снизу.
AAQ60935.1_pr5.fasta
Название белка очень длинное и сложное, пишется в одно слово. Данный белок катализирует превращение протодезоксивиолацеината в провиолацеин. Для работы ему необходим кофактор - ФАД. Конечный продукт - виолацеин, обладает антибактериальной, противовирусной, противомикробной, противовоспалительной, трипаноцидной и потенциальной противоопухолевой активностью.
Геномное окружение белка
В геномном браузере NCBI было найдено геномное окружение данного белка. Результат приведен на рисунке 1.
На рисунке представлены все 6 рамок считывания. Зеленые палочки означают старт-кодоны, красные - стоп-кодоны. Серые прямоугольники - возможные рамки считывания. Данный белок расположен на -2 рамке. Ниже расположены схематичные изображения генов. Рядом с данным геном расположены гены из семейства vioABCDE, продукты которых катализируют другие стадии синтеза виолацеина. Белые стрелки обозначают направление транскрибции и трансляции. Можно заметить, что генов меньше, чем возможных рамок считывания. Это связано с тем, что не все рамки реально транскрибируются и транслируются.
Верстать сайты не так уж просто.