Визуализация молекул в J(S)Mol
Транстиретин человека(PDBID - 5JID) в комплексе с перфтороктановой кислотой
Транстиретин - транспортный белок, содержащийся в плазме крови и цереброспинальной жидкости. Он обеспечивает транспорт тироксина и ретинол-связывающего белка в комплексе с ретинолом. Синтезируется преимущественно в печени, сосудистом сплетении желудочков мозга и в пигментном эпителии сетчатки.
Download script# |
Имена атомов |
Длина связи (Å) |
Угол N-H-O (°) |
Альфа-спирали |
|||
1 |
N(79TRP)- O(75THR) |
3.0 |
164.8 |
2 |
N(82LEU)- O(78TYR) |
3.39 |
137.4 |
3 |
N(81ALA)- O(77SER) |
3.01 |
148.3 |
4 |
N(78TYR)- O(74ASP) |
3.45 |
158.9 |
|
Average |
3.21 |
152.1 |
Бета-тяжи |
|||
1 |
N(106THR)- O(121VAL) |
2.86 |
166.7 |
2 |
N(121VAL)- O(106THR) |
2.91 |
147.2 |
3 |
N(108ALA)- O(119THR) |
2.94 |
171.5 |
4 |
N(110LEU)- O(117SER) |
2.83 |
157.9 |
|
Average |
2.89 |
160.83 |
Выводы и заключение
Средняя длина водородной связи для альфа-спирали составила 3.21 ангстрема, а угол 152.1 градус. Для бета-слоев 2.89 ангстрем и 160.83 градусов сответствнно. Приведенные значения очень близки к идеальным 3.0 ангстремам, а углы к 180 градусам(±45°).