Исследование блоков во множественном выравнивании
С помощью Pfam в белке ALF_ECOLI был идентифицирован домен семейства Aldolase. Было скачано выравнивание выборки Seed через интерфейс Jalview, число последовательностей сокращено до 8 с помощью выставления порога Remove redundancy в 79% и ручного удаления негомологичных последовательностей. Затем, были удалены колонки из гэпов. Затем были размечены блоки. Всего их было найдено 7. Минимальная длина блока - 7 аминокислот, максимальная - 12. При этом самый длинный блок находится в середине последовательности. Большое количество блоков может доказывать гомологичность данных белков.
Скачать полную версию проекта Jalview