Практикум 10. Геномные браузеры
1. UCSC
Взял ген TBP.
| Полное имя | Homo sapiens TATA-box binding protein |
|---|---|
| Gencode ID | ENSG00000112592.14 |
| Краткое имя | TBP |
| Цепь | + |
| Хромосома | chr6 |
| Плечо, полоса | q27 |
| Координаты в хромосоме | 170,554,333 - 170,572,869 |
| Число продуктов | 4 |
| Gencode ID транскрипта 1 | ENST00000540980.5 |
| Число экзонов для продукта 1 | 7 |
| Число аминокислот в последовательности продукта 1 |
319 |
| Gencode ID транскрипта 2 | ENST00000616883.4 |
| Число экзонов для продукта 2 | 9 |
| Число аминокислот в последовательности продукта 2 |
288 |
| Gencode ID транскрипта 3 | ENST00000392092.7 |
| Число экзонов для продукта 3 | 8 |
| Число аминокислот в последовательности продукта 3 |
339 |
Ensembl
Следуя инструкциям было получено выравнивание. Далее при помощи программы из пакета EMBOSS
infoalign -html -only -name -seqlength -alignlength -gapcount -diffcount -heading Human_Chimpanzee_lastz.fasta -out humchim.infoalign
была получена информация о выравнивании.
# Name SeqLen AlignLen GapLen Differ homo_sapiens_1-18599 18569 18599 30 0 pan_troglodytes_1-18599 18530 18599 69 155
Путем несложных математических рассчетов выяясняем, что процент отличий между этими генами равен 0,833%. При среднем нуровне различий в 1.24% ± 0.07%(Линк), можно указать на высокую схожесть этих генов. Оно и не удивительно, ведь TATA-biding protein играет очень важную роль в регуляции транскрипции у эукариот.