Учебный сайт Якушева Александра

Практикум 2. A- и В- формы ДНК. Структура РНК

Задание 1

При помощи программы fiber из пакета 3DNA были смоделированы 3 модели ДНК: в A, B и Z форме. Для A и B формы была получена структура с последовательностью GATCGATCGATCGATCGATC. Для Z формы доступно моделирование только поли-GC.

Ссылки:
A-форма
B-форма
Z-форма

Задание 2

Дальше при помощи программы Jmol была рассмотрена структура A-формы ДНК(3v9d). Для 9 нуклеотида(цитозина) на А цепи приведено изображение с помеченными атомами, направленными в большую и малую бороздку. Изображение получено при помощи программы MarvinSketch.

Cytosine
Цитозин 9 с цепи А.

Были изучены свойства сгенерированных структур. Результат в Таблице 1. В случае с Z спиралью выбирался участок с симметричной формой остова, так как значения убывали вплоть до комплементарного основания. Поэтому логично было измерять именно в такой конфигурации.

Таблица 1. Параметры сгенерированных структур
A-форма B-форма Z-форма
Тип спирали Правая Правая Левая
Шаг спирали, Å 28,03 33,75 43,5
Число оснований на виток 11 10 12
Ширина большой бороздки, Å 7,98 T7:A—C28:B 17,21 G5:A—G33:B 7,20 G13:A—G31:B
Ширина малой бороздки, Å 16,81 C16:A—T27:B 11,67 A14:A—T31:B 18,30 C6:A—C32:B

Задание 3

В этом задании нужно определить параметры структуры РНК с помощью программ find_pair и analyze пакета 3DNA. Параметры торсионных углов приведены ниже.

Torsion
Параметры торсионных углов. Данные значения углов близки к значениям для А-типа спирали ДНК, что и отражено в выходном файле работы алгоритма analyse.
Strain
Стебли в тРНК, найденные алгоритмом и перенесенные в выводной файл. Сами стебли отмечены синим цветом справа.

Третичную структуру тРНК поддерживают также и одиночные водородные связи между нуклеотидами (как и стандартные пары, так и нестандартные пары).