Практикум 3. Комплексы ДНК-белок
Предсказание вторичной структуры ДНК
Предсказание вторичной структуры РНК осуществлялось двумя методами: с помощью поиска инвертированных повторов (einverted из emboss) и алгоритмом Зукера. Параметры запуска einverted: Gap penalty = 0, Score threshold = 0
| Участок структуры | Позиции в структуре | Предсказание с помощью einverted | Предсказание по алгоритму Зукера |
|---|---|---|---|
| Акцепторный стебель | 5'_2-7_3'; 5'_66-71_3'; 6 пар | 5/6 | 6/6 |
| D-стебель | 5'_10-12_3'; 5'_23-25_3'; 3 пары | 0/3 | 3/3 |
| T-стебель | 5'_49-53_3'; 5'_61-65_3'; 5 пар | 0/5 | 5/5 |
| Антикодоновый стебель | 5'_27-31_3'; 5'_39-43_3'; 5 пар | 0/5 | 5/5 |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | 19 | 5/19 | 19/19 |
Алгоритм Зукера намного лучше подходит для предсказания вторичной структуры РНК.
ДНК-белковые комплексы
Для работы дан белок 1KSX.
Скрипт №1 выделяет в JMol атомы кислорода 2'-дезоксирибозы, остатков фосфорной кислоты и атомы азота остатков азотистых оснований.
Скрипт №2 последовательно показывает их.
Скрипт №3 это набор команд, использовавшихся для подсчета связей.
Результаты сведены в таблицу 2.
| Контакты атомов белка с | Полярные | Неполярные | Всего |
|---|---|---|---|
| остатками 2'-дезоксирибозы | 4 | 90 | 94 |
| остатками фосфорной кислоты | 63 | 28 | 91 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки |
0 | 30 | 30 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки |
0 | 1 | 1 |
Также посмотреть контакты можно при помощи программы nucplot
Наибольшее число контактов с ДНК имеет аминокислотный остаток - Phe182 цепи B.
Остаток Phe162 цепи I имеет контакты с азотистым основанием ДНК и именно этот остаток может принимать участие в узнавании ДНК.
