Учебный сайт Якушева Александра

Практикум 1. Филогенетическое дерево

Отобранные бактерии

Таблица 1. Отобранные бактерии

Название	Мнемотика	Таксономия
Bacillus subtilis	BACSU	Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Bacillus; Bacillus subtilis group
Clostridium botulinum	CLOBA	Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Clostridia; Clostridiales; Clostridiaceae; Clostridium
Lactobacillus acidophilus	LACAC	Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Lactobacillaceae; Lactobacillus
Staphylococcus aureus	STAAR	Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Staphylococcaceae; Staphylococcus
Staphylococcus epidermidis	STAES	Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Staphylococcaceae; Staphylococcus
Streptococcus pyogenes serotype M1	STRP1	Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Streptococcaceae; Streptococcus; Streptococcus pyogenes
Streptococcus pneumoniae serotype 4	STRPN	Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Streptococcaceae; Streptococcus

Скобочная формула дерева в формате Newick

((((STRP1,STRPN),LACAC),((STAAR,STAES),BACSU)),CLOBA);

Изображение дерева

Ветви дерева

Дерево содержит 4 нетривиальных ветви:

1. {STRP1, STRPN} против {LACAC, STAAR, STAES, BACSU, CLOBA} - таксон Streptococcaceae
2. {STRP1, STRPN, LACAC} против {STAAR, STAES, BACSU, CLOBA} - таксон Lactobacillales
3. {STAAR, STAES} против {STRP1, STRPN, LACAC, BACSU, CLOBA} - таксон Staphylococcaceae
4. {STAAR, STAES, BACSU} против {STRP1, STRPN, LACAC, CLOBA} - таксон Bacillales