Учебный сайт Якушева Александра

Практикум 11. GO (Gene Ontology)

Часть 1. GO Enrichment Analysis

1. Название файла с ID: list28.txt ; количество ID в списке: 25.
2. Количество ID, участвовавших в анализе обогащения: 24 (Unmapped IDs: 1). Скорее всего один ID не был найден из-за несоответствия идентификаторов.
3. В выдаче оказалось 97 GO terms, так как их FDR P < 0.05.
4. Десять самых значимых GO terms(в виде таблицы, так как из файла нечитаемо):

liposaccharide metabolic process (GO:1903509)	108	19	0.13	+	> 100	1.230000e-37	9.790000e-34
glycolipid metabolic process (GO:0006664)	107	19	0.13	+	> 100	1.050000e-37	1.660000e-33
glycosphingolipid metabolic process (GO:0006687)	64	17	0.08	+	> 100	5.150000e-36	2.730000e-32
membrane lipid metabolic process (GO:0006643)	203	19	0.25	+	75.06	9.040000e-33	3.600000e-29
sphingolipid metabolic process (GO:0006665)	156	17	0.19	+	87.39	5.360000e-30	1.710000e-26
ganglioside metabolic process (GO:0001573)	21	12	0.03	+	> 100	2.370000e-28	6.290000e-25
carbohydrate metabolic process (GO:0005975)	482	20	0.60	+	33.28	5.780000e-28	1.320000e-24
sialylation (GO:0097503)	20	11	0.02	+	> 100	7.870000e-26	1.570000e-22
ceramide metabolic process (GO:0006672)	88	13	0.11	+	> 100	3.520000e-24	6.230000e-21
oligosaccharide metabolic process (GO:0009311)	61	12	0.08	+	> 100	1.200000e-23	1.910000e-20


5.





6. Видно, что все узлы графа соединены только "is a" связями, то есть нижние уровни являются состовляющими верхних уровней.
7. Все гены, пердставленные полученными GO terms участвуют в процессах гликозилирования(то есть навешивания углеводных остатков). Гликозилированию могут подвергаться как липиды мембраны(liposaccharide metabolic process (GO:1903509)), так и белки (protein glycosylation (GO:0006486)). Гликозилирование это одна из посттрансляционных модификаций, она играет роль в процессах фолдинга беков, определения их клеточной локализации. Гликозилирование белков, находящихся на поверхности клетки определяет ее антигенный состав. Именно углеводы мембраны определяют нашу группу крови по системе AB0.

Часть 3. Human Protein Atlas

1. Был выбран ID NEU1
2. Под этим ID скрывается ген, кодирующий нейраминидазу 1. Это фермент, локализованный в лизосомах. Он отрезает теминальный остаток сиаловой кислоты от различных субстратов. В лизосомах этот фермент плавает не просто так, а является частью гетеротримерного комплекса, вместе с бета-галактозидазой и катепсином А. Мутации в данном гене могут вызывать сиалидоз.
3. Специфичность данного гена к определенному региону мозга не выявлена.




4. Продукт данного гена - белок, локализован в везикулах и "межклеточных контактах".



5. Данный ген экспрессируется во всех тканях и не является специфичным. Конечно видно, что в некоторых тканях его больше, но эта разница не существенна(по белку ее практически нет). При этом можно отметить, что в глазах и крови детектируется наличие мРНК, но не детектируется белок.





6. На консенсусном датасете видно, что мРНК обнаруживается во всех тканях на достаточно высоком уровне. Относительно высокий уровень детектируется в надпочечниках и почках, но разница недостаточна для того, чтобы говорить о тканеспецифичности.