Практикум 11. GO (Gene Ontology)
Мне достался метаболический путь метаболизма фруктозы и маннозы. Его номер - 00051
Это реакция фосфорилирования D-фруктозо-6-фосфата и получения фруктозо-1,6-бисфосфата. Эта реакция задействована во многих метаболических путях, через нее многие шестиуглеродные сахара могут попасть в гликолиз. Схема реакции приведена на рисунке.
Данную реакцию катализирует фермент АТФ:D-фруктозо-6-фосфат 2-фосфотрансфераза, более известный под неканоническим названием фосфофруктокиназа-2. Это бифункциональный белок, который обладает активностью как киназы, так и фосфатазы. Соотношение между этими активностями в печени регулируется глюкагоном и инсулином: глюкагон ингибирует гликолиз и стимулирует глюконеогенез, инсулин оказывает обратное действие.
Код фермента - 2.7.1.105. По порядку разберем смысл каждой цифры в коде.
2 - класс. Данный фермент - трансфераза(ибо катализирует перенос фосфатной группы с АТФ на фруктозо-6-фосфат)
7 - подкласс, определяет природу переносимой группы. Цифра 7 говорит о том, что данный фермент переносит фосфорсодержащие остатки. Тривиальное название ферментов данного подкласса - киназы
1 - подподкласс, определяет природу акцепторной группы. Ферменты из этого подподкласса переносят фосфорсодержащие группы на спиртовые группы других молекул небелковой природы(то есть не являются протеинкиназами)
105 - порядковый номер данного белка в своем подподклассе
Для Zea Mays в KEGG: 137 путей, 37374 белок-кодирующих и 1340 РНК-кодирующих генов.