Практикум 4. Паралоги
В практикуме искались гомологи белка CLPX_ECOLI у бактерий, отобранных в практикуме 1, или их близких родственников. Последовательность белка была скачана из UniProt. Среди протеомов выбранных бактерий был произведен поиск гомологов программой blastp с evalue < 0.001. Выдача программы приведена ниже.
Для данных белков было построено выравнивание программой muscle. По этому выравниванию в программе MEGA c помощью алгоритма максимального правдоподобия (Maximum Likelihood method) было построено дерево. Его запись в Newick-формате:
((((((((CLPX_STAEQ,CLPX_STAA8),CLPX_BACSU),(Q5FKR6_LACAC,CLPX_STRPN)),CLPX_CLOBH),(HSLU_LACAC,(CLPY_BACSU,(HSLU_STAA8,HSLU_STAEQ)))),(YOJN_BACSU,(Y1413_STAA8,Y979_STAEQ))),A5I501_CLOBH),(CLPE_BACSU,(M4YZ72_STREQ,(Q5FHW6_LACAC,(CLPL_STAA8,M4YWY5_STREQ)))),(A5I766_CLOBH,(A5HYU4_CLOBH,(A5I7Q0_CLOBH,((Q5HRP3_STAEQ,FTSH_BACSU),(Q5FMA3_LACAC,(M4YVJ8_STREQ,FTSH_STRPN)))))));
Ортологи:
- CLPX STAEQ vs. CLPX BACSU
- Y1413 STAA8 vs. Y979 STAEQ
- FTSH STRPN vs. FTSH BACSU
- M4YWY5 STREQ vs. M4YZ72 STREQ
- A5HYU4 CLOBH vs. A5I766 CLOBH
- CLPY BACSU vs. YOJN BACSU
- CLPX - АТФ-связывающие субъединицы протеазы CLP. Филогения данной группы полностью совпадает с филогенией видов. Но в данной группе представленны не все изучаемые бактерии(нет Streptococcus pyogenes serotype M1)
- HSLU -АТФазная субъединица АТФ-связывающей протеазы. Эта субъединица имеет шаперонную активность. Филогения данной группы полностью совпадает с филогенией видов и также, как в предыдущей группе, не все виды, в протеомах которых мы искали, представленны здесь.
- FTSH - АТФ-связывающая цинковая металлопротеаза FtsH. Как и в предыдущих случаях, филогения данной группы белков совпадает с филогенией видов. Нет ортолога у вида Staphylococcus aureus.