Сравнительный анализ канонической ДНК и стеблей тРНК
Задание 1.
Были построены модели структур A-, B- и Z-формы ДНК с помощью инструментов пакета 3DNA.
Задание 2.
Из сгенерированных структур, полученных мной при выполнении задания 1, я выбрала B-форму. Заданное азотистое основание - тимин (я выбрала 27-ой).
- В сторону большой бороздки обращены атомы Т27.C7, Т27.C5, Т27.C6, Т27.C4, Т27.O4.
- В сторону малой бороздки обращены атомы Т27.N3, Т27.C2, Т27.O2, Т27.N1.
| А-форма | В-форма | Z-форма | |
|---|---|---|---|
| Тип спирали (правая или левая) | Правая | Правая | Левая |
| Шаг спирали (Å) | 28.0 | 33.8 | 43.5 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| Ширина большой бороздки | 18.5 Å (между A/DA`18/P и B/DT`27/P) |
17.9 Å (между A/DA`6/P и B/DT`31/P) |
18.3 Å (между A/DC`4/P и B/DC`34/P) |
| Ширина малой бороздки | 9.6 Å (между B/DT`27/P и A/DT`7/P) |
11.7 Å (между B/DT`35/P и A/DA`10/P) |
9.9 Å (между B/DG`37/P и A/DC`8/P) |
Задание 3.
В ходе выплонения задания я определяла параметры структуры тРНК 1J1U:
- Номера нуклеотидов, образующих стебли (stems) во вторичной структуре заданной тРНК: 501-507 и 573-567; 550-555 и 566-559; 537-544 и 534-527; 510-513 и 526-523,508.
- Неканонические пары оснований в структуре тРНК: U552-G564; U556-G519; A539-C533; A545-G527.
- Дополнительные водородные связи в тРНК, стабилизирующие ее третичную структуру: U556 - G519, G515 - C549, G520 - C557.