Гомология и выравнивание. Домены. JalView
Для описания был выбран домен Insulin. Его характеристики:
| Информация | Пояснения (для самого автора) | |
|---|---|---|
| AC pfam | PF00049 | |
| ID pfam | Insulin | |
| #SEED | 28 | Число последовательностей в выравнивании seed (составляется экспертом) |
| #All | 6194 | Число последовательностей в выравнивании всех представителей семейства - full(=all) |
| #SW | 245 | Число белков с доменом Swissprot |
| #architectures | 44 | Число доменных архитектур |
| #3D | 503 | Число доменов с известной 3D структурой |
| Taxonomy | ||
| #eukaryota | 8471 | |
| #archaea | 0 | |
| #bacteria | 1 |
В семейство Insulin/IGF/Relaxin входят различные секретируемые регуляторные гормоны:
- инсулин
- инсулиноподобные факторы роста - белки с высокой степенью сходства последовательностей с инсулином; у человека, например, участвуют в развитии нервной системы, печени, почек, регуляции нормальной физиологии (а так же патологических состояний, таких как рак) и апоптоза
- релаксины - связаны с репродуктивной функцией и могут участвовать в нейроэндокринной регуляции
- бомбиксин - гормон насекомых, впервые выделенный у тутового шелкопряда; стимулирует деление клеток, участвует в процессах линьки и метаморфоза
В 3D-структуре преобладают альфа-спирали, имеются дисульфидные мостики
Выравнивание белковых доменов (seed)
| Информация | |
|---|---|
| Выравнивание seed | Число последовательностей - 28 Число колонок - 176 |
| Максимальный достоверный блок, включающие ВСЕ последовательности (МДБ-all) | 162-176 |
| 100% консервативные колонки в МДБ-all | 162:C, 167:C, 176:C |
| Максимальный достоверный блок, включающий НЕ ВСЕ последовательности (МДБ-notAll) | Последователности 1-20 Колонки 158-176 |
| 100% консервативные колонки в МДБ-notAll | 158:I, 159:[AV] 162:C, 167:C, 175:Y, 176:C |
| Участок выравнивания, в котором нет никаких достоверных подблоков, и потому маловероятно, что выравнивание на этом участке отражает ход эволюции. | 42-138 |
Карта локального сходства
| Таблица 11-5 | Информация |
|---|---|
| доменная архитектура 1 | PF00049 |
| Белок с архитектурой 1 | P01308 |
| доменная архитектура 2 | PF00049 - PF08365 |
| Белок с архитектурой 2 | P01344 |
На карте локального сходства видны 3 части выравнивания, между которыми находятся разрывы, вызванные делециями или вставками. Разрывы соответствуют инделям в выравнивании:
