Обзор структуры 7FQW
Структура в целом
7FQW представляет собой мономерный белок, состоящий из одной цепи А, которая включает 321 аминокислотный остаток [1].
Отдельные цепи
Данный белок выделен из организма человека (H. sapiens).
В базе данных PDB идентификатору 7FQW соответствует цепь А тирозин-протеинфосфатазы нерецепторного типа 1 (Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 1, P18031 · PTN1_HUMAN). Она действует как регулятор реакции эндоплазматического ретикулума на неправильное сворачивание белков. Опосредует дефосфорилирование EIF2AK3/PERK, инактивируя протеинкиназную активность EIF2AK3/PERK. Может играть важную роль в каскадах передачи сигналов, индуцированных CKII и p60c-src, и регулировать сигнальный путь EFNA5-EPHA3, который модулирует реорганизацию клеток и межклеточное отталкивание. Также может регулировать сигнальный путь рецептора фактора роста гепатоцитов посредством дефосфорилирования MET [2].
В последовательности из базы данных PDB 7FQW наблюдаются 2 инженерные мутации, отличающие её от референса из базы данных Uniprot (ID P18031).
Во вторичной структуре имеются альфа-спирали, бета-тяжи и петли - неупорядоченные участки с первичной структурой (рис.2). При этом заметного преобладания какой-либо из этих структур над остальными не наблюдается.
Малые молекулы
В структуре фермента присутствуют 3 типа малых молекул: 2-(тиофен-2-ил)-1H-имидазол (2-(thiophen-2-yl)-1H-imidazole, JG4) и 2-амино-гидроксиметил-пропан-1,3-диол (2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL, TRS), а также молекулы воды (HOH, Water) [1].
Список литературы
[1] https://www.rcsb.org/structure/7FQW
[2] UniProt Consortium. (2024). P18031 · PTN1_HUMAN. UniProt. https://www.uniprot.org/uniprotkb/P18031/entry