Практикум 3

Описание структуры оксидредуктазы Fe-Superoxide Dismutase, выделенной из археона Thermosynechococcus vestitus

Общая структура

Макромолекула 1MY6 состоит из одной уникальной полимерной цепи и одной биологической субъединицы. Цепь содержит 2 домена в позициях 6-88 и 95-195. Биологическая субъединица при этом совпадает с ассиметрической. В ассиметричекую входят 2 цепи (A, B), как можно заметить по изображению ниже.

Отдельная цепь

Uniprot_id: Q8DIR2 Название белка: Супероксиддисмутаза железа (III) [Iron (III) Superoxide Dismutase (FeSOD)]. Название гена: sodB Функция: разрушает радикалы, которые вырабатываются внутри клеток и токсичны для них. Схема реакции приведена ниже

Мутации

В последовательности мутаций нет. Ввиду плохой аннотированности нет данных по фенотипам и вариациям.

Был проанализорован файл pdb на наличие модифицированных аминокислотных остатков при помощи скрипта на Питоне. Таковых обнаружено не было, поскольку выходной файл пуст.

Малые молекулы

В pdb файле при помощи скрипта были найдены упоминания о 2 типах малых молекул:

- Ион железа 3+ FE (III) ION Как видно из файла с результатами, всего было найдено 2 иона железа. Ионы Fe 3+ являются лигандами данного фермента, вероятнее всего они были обнаружены в области Fe III сайтов.

- Конечно, была обнаружена вода HOH *565(H2 O) в большом количестве