Практикум 10
Для выполнения практикума были выбраны 2 организма по запросу ""(Yersinia[Organism]) AND chromosome[Title]":
Выравнивание проводилось с помощью megablast и blastn с параметрами по умолчанию. На рисунках ниже показаны Dot Plot'ы с сайта NCBI:
Видно, что в целом и blastn, и megablast дают схожие результаты, однако Dot Plot от blastn гораздо более шумный. Это несколько затрудняет интерпретацию, особенно в местах, где произошли небольшие (по длине) инверсии.
Из полученный картин видно, что произошли множественные инверсии в геноме. Не берусь предположить сколько их было точно, поскольку по таким данным посчитать довольну трудно, однако наблюдается как минимум 5 инвертировынных участков. Также исходя из разной "высоты" (координаты по Y) сосведних участков можно сделать вывод что произошли как минимум 2 транслокации.
Геном Yersinia pestis несколько короче, а также по оси X на графике видны разрывы. Вероятно, имела место делеция (или инсерция)
Алгоритм blastn более чувствительный, однако и более шумный, нежели megablast