Практикум 2

Задание 1

Были созданы структуры A, B и Z форм ДНК с использованием следующих команд:

• "fiber -seq=GATCGATCGATCGATCGATC -a gatc-a.pdb"
• "fiber -seq=GATCGATCGATCGATCGATC -b gatc-b.pdb"
• "fiber -seq=GATCGATCGATCGATCGATC -z gatc-z.pdb"

Файлы для каждой формы можно скачать здесь:

• A-форма
• B-форма
• Z-форма

Задание 2

Для второго задания я выбрал B-форма ДНК.

• В сторону большой бороздки: А14.C5, A14.C6, A14.N6, A14.N7, A14.C8
• В сторону малой бороздки: А14.N1, A14.C2, A14.N3, A14.C4

Основные показатели для спиралей каждого типа

Форма ДНК	Тип спирали	Шаг спирали (Å)	Оснований на виток	Ширина малой бороздки (Å)	Ширина большой бороздки (Å)
A-форма	Правая	28	11	8	16.8
B-форма	Правая	33.8	10	11.7	17.2
Z-форма	Левая	42.5	12	7.2	18.3

Задание 3

При помощи команд

• wget "https://files.rcsb.org/download/1il2.pdb" -O "1il2.pdb"
• remediator --old "1il2.pdb" > "1il2_old.pdb"
• find_pair -t 1il2_old.pdb stdout | analyze

был получен файл 1il2_old.out с необходимой информацией

Упражнение 1

1. Значения торсионных углов находятся в разделе: "Main chain and chi torsion angles"
2. В разделе "Classification of each dinucleotide step in a right-handed nucleic acid structure: A-like; B-like; TA-like, or other cases" есть информация о степени сходства правозакрученой ДНК и двуцепочечной РНК. В моём случае все двуцепочечные участки схожи с A-формой

Упражнение 2

В разделе "RMSD of the bases (----- for WC bp, + for isolated bp, x for helix change)" есть информация о координатах стеблей
Стебли образуются нуклеотидами:

• 1-7 && 72-66
• 10-13 && 25-22
• 26-32 && 44-38
• 49-53 && 65-61

Неканонические пары:

• 5U-68G
• 55PSU-17G (Pseudouridine)
• 38C-32PSU (Pseudouridine)
• 40U-30G<
• 44A-26G
• 10G-25U
• 13PSU-22G (Pseudouridine)
• 14A-21A
• 16H2U-59U (2'-deoxyuridine)

Канонические пары нуклеотидов, которые не входят в состав стеблей, можно считать дополнительными стабилизирующими структурами:

• 50G-64C
• 51G-63C
• 52G-62C
• 53G-61C
• 39G-31C
• 41G-29C
• 42C-28G
• 43C-27G
• 18G-56C