Практикум 3

Задание 1

Упражнение 1

При помощи программы einverted я нашёл инвертированные участки тРНК (1il2) и также потенциальные комплементарные участки

Параметры einverted:
-sequence 1il2.seq -gap 5 -threshold 0 -match 3 -mismatch -5 -outfile outfile -outseq seqout

Описание структуры тРНК

Участок	find_pair	einverted	Зукер
Акцепторный стебель	901-907, 972-966	1-4: 71-74	1-8
D-стебель	910-912, 925-923	None	17-20
T-стебель	949-953, 965-961	None	49-52
Антикодоновый стебель	939-943, 931-927	None	25-31
Число канонических пар	20	4	22

Упражнение 2

Предсказание вторичной структуры тРНК по алгоритму Зукера

При помощи RNAfold была предсказана вторичная структура тРНК

Файл в формате VIENNA можно скачать тут

Задание 2

Упражнение 1

Скрипт 1 Скрипт 2

Упражнение 2

Контакты атомов белка	Полярные	Неполярные	Всего
остатками 2'-дезоксирибозы	52	26	78
остатками фосфорной кислоты	48	0	48
остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки	0	16	16
остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки	0	10	10

Упражнение 3

При помощи nucplot представлены белковые взаимодействия
Для работы nucplot требует старый стандарт pdb, для этого я использовал следющую команду

remediator --old "1odh.pdb" > "1odh_old.pdb"

Упражнение 4

На основании схемы nucplot была найдена аминакислота с наибольшим количеством связей: Asn65.

Наибольшим количеством связей с ДНК обладает осотаток Asn65.

Помимо этого, вероятно, он принимает участие в распознавании ДНК. Также в этом процессе могут принимать участие остатки His67, His55 и Lys74, поскольку они имеют множетсвенные водородные связи с ДНК.

His67, возможно, важен для связывания ДНК ввиду своего удачного геометрического расположения. На данной иллюстрации он имеет лишь одну связь, однако он расположен в своеобразной выемке, что может способствовать связыванию.
Также в своём составе он имеет ароматическое кольцо, и при удачных условиях между ним и ДНК могут быть стекинг-взаимодействия, дополнительно стабилизирующие ДНК-белковый комплекс.