1 Введение

Halorubrum salinarum является экстремафильной археей, способной выживать, даже в практически в нас>ид был обнаружен в 2015 в бассейне для выпаривания соли в Болинао, Пангасинан, Филиппины. Hbt. salin>Так же Hbt. salinarum продуцирует большое количество разнообразных галоцинов. Галоцины - это белковые>Материалы и методы

2 Материалы и методы

Данные по геному исследуемой археи были взяты с сайта Национального Центра Биотехнологической информа>Для анализа данных использовались электронные таблицы Google Sheets и программы, написанные на языке

3 Реpультаты

3.1 Описание стандартных данных о геноме

Геном Hbt. salinarum состоит из основной хромосомы, состоящей из 2937429 пар оснований и двух плазмиды размером 247617 и 155204 п.н. Геном очень богат G-C (62,56%). Высокое содержание GC в геноме повышает стабильность в экстремальных условиях.

С помощью fasta-файла последовательности генома [2] и программы [3] можно определить нуклеотидный состав ДНК (Таблица 2). Данные показывают, что для исследуемой бактерии выполняется второе правило Чаргаффа – число букв A примерно равно числу букв T, а число букв G примерно равно числу букв C в последовательности одной цепочки геномной ДНК.

В электронных таблицах была построена гистограмма длин белков (Диаграмма 1) и подсчитаны некоторые статистические параметры для этого распределения [4].

1) Создана гистограмма зависимости количества белков от их длины

Первое, что было сделано - это оставление гистограммы длин белков к их количеству (Диаграмма 1). Из гистограммы видно, что наибольшее количество белков (436) имеют длину в диапазоне 100-150.

2)Определены самые короткие белки

Затем с помощью функций таблиц был найден самый короткий белок. Это оказался гипотетический белок, длинной в 40.

3) Определены самые длинные белки

Аналогично был найден самый длинный белок. Это белок Системы секреции IV типа, длинной в 2407 и. Он состоит из 12 субъединиц.

3.2 Статистические данные о генах РНК

Всего в геноме 54 генов РНК , что составляет 1.78% от всех генов. Генов тРНК – 48, рРНК – 6 (Таблица 6). В геноме представлено по два гена каждого типа рРНК, образующих субъединицы рибосом прокариот (5S, 16S, 23S). Вероятно, они представлены в одинаковой кратности для соотношения их продуктов 1:1:1.