Fatty acid oxidation complex subunit alpha

Меню:

Fatty acid oxidation complex subunit alpha

У моей бактерии было много записей белков - 4762, но с оценкой аннотации в 5 баллов было всего два. Я выбрал именно A0A822PQL6 из за его большой длины в 729 АА.

Переведённое полное название – Альфа-составляющая комплекса окисления жирных кислот

Запрос – (taxonomy_id:42897).

Задание 4.

1) Рассматриваемый мною белок является многофункциональным энзимом. Мне стало интересно, сколько ещё таких белков имеет Shigella flexneri 2a. Я использовал расширенный поиск:

Запрос – (taxonomy_id:42897) AND (keyword:KW-0511).

Оказалось, что в UniProt KB имеется 32 записи, среди которых рассматриваемый мной белок имеет наибольшую оценку аннотации.

2) Мне стало интересно какие белки выполняют у рода Shigella функцию гидролиза жиров и метаболизма жирных кислот, являются 'коллегами' моего белка.

Запрос – (taxonomy_id:620) AND (keyword:KW-0442) AND (keyword:KW-0443) AND (keyword:KW-0276).

По запросу выдало 146 результатов. Из которых: 38 экспрессируются с гена fadA, 36 c fadB, 38 c fadI, 32 c fadJ, 1 c BGK50_16120, 1 с BGK50_01925. Я находил их число добавляя в поиск строку: Gene Name [GN] fadA, например. Мой белок с fadB.

3) Если выполнить поиск внутри рода Shigella по имени моего белка и по ключевым словам выполняемых функций,

Запрос – (taxonomy_id:620) AND (keyword:KW-0442) AND (keyword:KW-0443) AND (keyword:KW-0276) AND (protein_name:"Fatty acid oxidation complex subunit alpha")

.

можно обнаружить массу его аналогов для каждого вида и серотипа: экспрессирующихся с fadB длиной 729 и 771, c fadJ длиной 714. Причём их распределение никак небыло связано с систематическим положением хозяев.