Я выбрал референсный для вида Shigella flexneri протеом.
В качестве контрольного я взял протеом модельного объекта E.coli K12 потому что она достаточно
близкий родственник моей бактерии, а так же хорошо изучена, и, кроме того в отличие от неё, в основном не патоген.
В достоверности и изученности выбранных протеомов сомневаться не пр ходится.
S. flexneri UP000001006 entries:4103 CPD:Close to standart(high value) C:98.9%(BUSCO)
E. coli K12 UP000000625 entries:4404 CPD:Close to standart(low value) C:100%(BUSCO)
Команды для скачивания:
Сравнение по группам белков
Ищется запросом в базе данных UniProtKB
1) Трансмембранные белки:
S. flexneri - 817 Запрос – (proteome:UP000001006) AND (ft_transmem:*).
E. coli - 957 Запрос – (proteome:UP000000625) AND (ft_transmem:*).
2) Ферменты:
S. flexneri - 1141 Запрос – (proteome:UP000001006) AND (ec:*).
E. coli - 1708 Запрос – (proteome:UP000000625) AND (ec:*).
3) Вирулентные белки:
S. flexneri - 70 Запрос – (proteome:UP000001006) AND (keyword:KW-0843).
E. coli - 3 Запрос – (proteome:UP000000625) AND (keyword:KW-0843).
3)Поиск модифицированных аминокислот
Используя скрипт на python я подсчитал количество модифицированных аминокислот в
белках и составил их списки с указанием ID белка, положения модифицированной аминокислоты и её описания.