Выравнивание последовательностей

Меню:

2)Глобальное выравнивание

Protein Name ID 1 ID 2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels
fadR FADR_ECOLI FADR_BACSU 24.5 14.0% 25.5% 123 13
Aconitase ACNA_ECOLI ACNA_BASCU 2647.5 56.4% 71.7% 18 6
thiS THIS_ECOLI THIS_BASCU 42 20.9% 44.8% 2 2

3)Локальное выравнивание

Protein Name ID 1 ID 2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels Coverage 1 Coverage 2
fadR FADR_ECOLI FADR_BACSU 31.0 21.9% 40.6% 30 6 38.5% 49.0%
Aconitase ACNA_ECOLI ACNA_BASCU 2647.5 56.6% 71.9% 16 5 100.0% 99.8%
thiS THIS_ECOLI THIS_BASCU 45.0% 22.0% 48.0% 0 0 75.8% 75.8%

4)Бессмысленное выравнивание

Protein Name ID 1 ID 2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels Coverage 1 Coverage 2
fadR RS3_ECOLI GLGC_BACSU 37.5 26.8% 40.8% 14 3 28.3% 16.3%
Protein Name ID 1 ID 2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels
fadR RS3_ECOLI GLGC_BACSU 26.0 5.8% 11.2% 383 10

Из представленных данных можно сделать вывод, что если есть сомнения в гомологичности белков, то лучше провести как локальное, так и глобальное выравнивание, потому что если провести только локальное, то программа найдёт небольшой участок с неплохими показателями совпадения и основываясь на этом можно сделать ложный вывод об их гомологичности.

Множественное выравнивание

Я решил выбрать мнемонику FADR

Полное имя: Fatty acid metabolism regulator protein

Белков с такой мнемоникой нашлось 88. Из них я выбрал первые 7.

Выравнивание в Jalview

Выравнивание осуществлялось командой: muscle -in fadr.fasta -out fadr_alignment.fasta (Файл fadr.fasta содержал имена записей uniprot.)

Судя по полученным результатам, белок FADR_BACSU не гомологичен остальным, а был назван так по выполняемой функции. Это так же подтверждается первыми двумя выравниванями. Самым консервативным оказался участок с 41 по 61 аминокислоту.