Сборка генома

Меню:

Trypanosoma brucei brucei TREU927

Трипаносома брусеи это одноклеточный паразит, обитающий в плазме крови и лимфе, передающийся через укус мухи цеце. Подвид Трипаносома брусеи брусеи не заражает человека. Трипаносома обладает уникальным клеточным строеним: кинетопласт, ундулирующая мембрана, пелликула.

Основания
Trypanosoma brucei brucei. source
RefSeq ID GenBank ID Раззмер генома Число хромосом Число скэффолдов Scaffold N50 Scaffold L50 Contig N50 Contig L50
GCF_000002445.2 GCA_000002445.1 26.1 Mb 11 12 2.5 Mb 4 1.7 Mb 6

Скэффолды собираются из прочитанных контигов. Для контигов N50 означает min длину, для которой 50% всей длины сборки будет содержаться в контигах такой и более длины. N50 это наименьшее число контигов, в которых содержится 50% или более от длины сборки. Для скэффолдов сё аналогично.

В научной литературе подтверждают наличие у Trypanosoma brucei brucei TREU927 11 хромосом, однако говоритсяи и о наличии множества минихромосом, кодируюзих гликокаликс. Но сборку генома всё равно можно считать достоверной, так как гены гликокаликса быстро мутируют, и добавлять к сборке такие последовательности было бы бессмысленно. Но это не значит что в геномной сборке нет гликопротеинов. Статья

cds_from_genomic.fna Предсказанные кодирующие белок последовательности
GCF_000002445.2_ASM244v1_genomic.fna Полный генетический код организма по скэфолдам
genomic.gbff Геню код + feature table + информация о публикации
protein.faa Предсказанные полипептиды
rna.fna Предсказанные открытые рамки считывания