Кр по PWM.

Меню:

Вариант 10

Дзиковский Ю. А. П4

Дано выравнивание. GC генома равен 0.6. p(b) – частота буквы b. eps(b) = псевдоотсчёт для буквы b.

0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15
   
C   		    
A   		    
A   		    
A   		    
C   		    
G   		    
T   		    
T   		    
T   		    
G   		    
C   		    
T   		    
T   		    
T   		    
C   		    
C   
   
C   		    
A   		    
A   		    
A   		    
C   		    
G   		    
T   		    
T   		    
T   		    
T   		    
C   		    
G   		    
T   		    
T   		    
T   		    
A   
   
C   		    
A   		    
A   		    
A   		    
C   		    
G   		    
G   		    
T   		    
T   		    
T   		    
C   		    
G   		    
T   		    
C   		    
A   		    
G   
   
C   		    
A   		    
A   		    
C   		    
C   		    
G   		    
T   		    
T   		    
T   		    
T   		    
C   		    
C   		    
T   		    
T   		    
G   		    
C   
   
C   		    
A   		    
A   		    
A   		    
C   		    
G   		    
T   		    
G   		    
T   		    
G   		    
C   		    
G   		    
T   		    
C   		    
T   		    
G   
   
C   		    
A   		    
A   		    
T   		    
C   		    
G   		    
G   		    
T   		    
T   		    
A   		    
C   		    
C   		    
T   		    
T   		    
G   		    
A   
   
C   		    
A   		    
A   		    
A   		    
C   		    
G   		    
T   		    
T   		    
T   		    
T   		    
C   		    
G   		    
T   		    
T   		    
A   		    
C   

В рассчетах и создании таблиц использовался скрипт на языке программирования Python>

Предоставленное выравнивание в csv-формате: align10.txt

Получена следующая таблица чисел букв по столбцам:

Base: 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15
0 A 0 7 7 5 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 2 2
1 T 0 0 0 1 0 0 5 6 7 4 0 1 7 5 2 0
2 G 0 0 0 0 0 7 2 1 0 2 0 4 0 0 2 2
3 C 7 0 0 1 7 0 0 0 0 0 7 2 0 2 1 3
4 Consensus C A A A C G T T T T C G T T t C
5 Pattern+ C A A H C G K K T D C B T Y N V
6 Pattern- G T T D G C M M A H G V A R N B

Полученная PWM в csv-формате.

PWM и вес последовательности относительно PWM:

p(b) e(b) 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15
A 0.2 1 -1.72247 1.277534 1.277534 0.862496 -1.72247 -1.72247 -1.72247 -1.72247 -1.72247 -0.72247 -1.72247 -1.72247 -1.72247 -1.72247 -0.1375 -0.1375
T 0.2 1 -1.72247 -1.72247 -1.72247 -0.72247 -1.72247 -1.72247 0.862496 1.084889 1.277534 0.599462 -1.72247 -0.72247 1.277534 0.862496 -0.1375 -1.72247
G 0.3 1 -1.1375 -1.1375 -1.1375 -1.1375 -1.1375 1.862496 0.447459 -0.1375 -1.1375 0.447459 -1.1375 1.184425 -1.1375 -1.1375 0.447459 0.447459
C 0.3 1 1.862496 -1.1375 -1.1375 -0.1375 1.862496 -1.1375 -1.1375 -1.1375 -1.1375 -1.1375 1.862496 0.447459 -1.1375 0.447459 -0.1375 0.862496
W= 17.85 C A A A C G T T T G C T T T C C