Практикум 4

Меню:

Нахождение гомологов

  • Выбранные бактерии
  • Выдача blastp
  • Находки

    • Реконструкция дерева

  • Выравнивание программой Muscle
  • Выравнивание в формате Philip Relaxed
  • Дерево реконструировано программой iqtree, а затем укоренено в среднюю точку.

    • Рис.1) Дерево белков с отмеченными разными цветами ортологическими группами.
    Рис.2) Дерево белков со схлопнутой группой (HSLU: BARHE,PSEAE,YERPE,SHEDO,BORPE,ROSDO,AROAE,RHIME).

    Итоги

    Приведём некоторые примеры ортологов и паралогов:

  • Ортологи: попарно все из HSLU группы, CLPX_ROSDO-CLPX_RHIME, CLPX_RHIME-CLPX_BARHE, CLPX_BORPE-CLPX_AROAE
  • Паралоги: RUVB_ROSDO-CLPX_ROSDO, CLPX_YERPE-A0A5P8YB42_YERPE, HSLU_RHIME-Q92M98_RHIME

    • Терперь сравним полученное дерево белков с филогенией организмов

    Рис.3) Филогения организмов.

    Если мы взглянем на ветвь HSLU на Рис.1, то увидим, что на ней присутствуют все группы, отмеченные на Рис.3, но отношения между ними отличаются.