Практикум 4

Меню:

Нахождение гомологов

Была использована программа blastp с порогои e-value=1e-10

  • Выбранные бактерии
  • Находки blastp
  • Последовательности находок

    • Реконструкция дерева

  • Выравнивание программой Muscle(в формате phy)
  • Дерево, реконструированное программой iqtree

    • Визуализация осуществлялась при помощи сервиса ITOL. На рис. 1 мы можем видеть дерево, полученное укоренением в среднюю точку.

    Рис.1) Дерево белков-гомологов clpx_ecoli, реконструированное iqtree и укоренённое в среднюю точку.

    На рис. 2 мы можем видеть, что на дереве хорошо видны две ортологические группы белков.

    Примеры ортологов:

  • CLPX_ECOLI - CLPX_PSEMY
  • Q3SFW1_THIDA - HSLU_RHIME
  • CLPX_NEIMA - CLPX_THIDA

    • Примеры паралогов:

  • Q3SFW1_THIDA - CLPX_THIDA
  • CLPX_PROMH - HSLU_PROMH
  • HSLU_RHIME - CLPX_RHIME
    • Рис.2) Дерево белков с покрашенными ортологическими группами.

    На рис. 3 изображено дерево со схлопнутыми ортологическими группами.

    Составы групп:

  • CLPX-family:

    CLPX_ECOLI, CLPX_NEIMA, CLPX_PARDP, CLPX_PROMH, CLPX_PSEMY, CLPX_RHIME, CLPX_THIDA

  • HSLU-family:

    HSLU_ECOLI, HSLU_PARDP, HSLU_PROMH, HSLU_PSEMY, HSLU_RHIME, Q3SFW1_THIDA

    • Рис.3) Дерево белков с схлопнутыми ортологическими группами.

    Если мы взглянем на ветвь HSLU на Рис.1, то увидим, что на ней присутствуют все группы, отмеченные на Рис.3, но отношения между ними отличаются.

    Сравнение с филогенией организмов

    На рис. 4 изображена филогения бактерий, которую принимаем за референсную.

    Рис.4) Дерево, отражающее филогению бактерий.

    Для семейства HSLU всё идентично филогении бактерий за исключением укоренения, которое в случае белков отделило THIDA, PARDP и RHIME, когда в референсе укоренение в ветвь, отделяющую PARDP и RHIME. С деревом для белков CLPX референс согласен только насчёт двух ветвей: отделяющей PARDP и RHIME, отделяющей ECOLI и PROMH.