Трансмембранные белки

Меню:

Выбранный β-листовой белок

  • Русское название: Субъединица митохондриального рецептора импорта TOM40
  • Английское название: Mitochondrial import receptor subunit TOM40
  • PDB: 5O8O
  • UniProt: TOM40_NEUCR
  • Последовательность из Swiss-Prot: TOM40_NEUCR
  • Организм: Neurospora crassa
  • Расположение: Внешняя мембрана митохондрии
  • Функция: четыре TOM40 в сотставе симметричного димерного комплекса попарно образуют два канала, служащие для транспорта белковых предшественников внутрь митохондрии из цитоплазмы.

    • Трансмембранные участки

  • OPM: 1(68-74), 2(81-86), 3(95-100), 4(106-112), 5(119-124), 6(132-136), 7(143-150), 8(156-166), 9(173-180), 10(189-196), 11(206-214), 12(219-226), 13(231-237), 14(245-251), 15(268-277), 16(279-286), 17(293-298), 18(305-311), 19(323-330)
  • DeepTMHMM: 1(25-29), 2(65-69), 3(81-85), 4(94-99), 5(105-111), 6(117-123), 7(129-137), 8(143-150), 9(155-164), 10(173-180), 11(187-195), 12(206-215), 13(219-225), 14(231-237), 15(243-251), 16(267-275), 17(280-286), 18(291-298), 19(305-311), 20(320-328) Выдача в формате 3line
    • Рис.1) Графическая выдача DeepTMHMM. Снизу - график, показывающий зависимость вероятности соостетствующего расположения относительно мембраны от позиции. Сверху - наиболее вероятное расположение для каждой позиции.

    Выводы

    В двух методах неплохо перекрылись последние 18 β-листов. Однако DeepTMHMM предсказывает два β-листа, которые не увидел OPM, на координатах 25-29 и 65-69, а OPM рисует не замеченный DeepTMHMM β-лист прямо за ними, перекрывая последний, на координатах 68-74. Это наталкивает на мысли что данный белок может менять конформацию в этом месте, ведь он рецептор.

    Выбранный α-спиральный белок

  • Русское название: Кислото-чувствительный ионный канал 1a
  • Английское название: Acid-sensing ion channel 1a
  • PDB: 7cfs
  • UniProt: ASIC1_HUMAN
  • Последовательность из Swiss-Prot: ASIC1_HUMAN
  • Организм: Homo sapiens
  • Расположение: Плазматическая мембрана
  • Функция: Протон-зависимый натриевый канал, принимает участие в болевой рецепции.

    • Трансмембранные участки

  • OPM:

    A - Tilt: 25 - TM segments: 1( 42- 62), 2( 431- 442), 3( 447- 462)

    B - Tilt: 23 - TM segments: 1( 44- 66), 2( 428- 442), 3( 447- 455)

    C - Tilt: 37 - TM segments: 1( 42- 62), 2( 428- 442), 3( 447- 458)

  • DeepTMHMM:

    1(44-62), 2(438-454)

    Выдача в формате 3line

  • *Пояснение: цепи имеют идентичную последовательность амнокислот, поэтому DeepTMHMM даёт только один результат.
    • Рис.2) Графическая выдача DeepTMHMM. Снизу - график, показывающий зависимость вероятности соостетствующего расположения относительно мембраны от позиции. Сверху - наиболее вероятное расположение для каждой позиции.
    Рис.3) Разница в предсказании C-концевых трансмембранных α-спиралей OPM и DeepTMHMM на примере A-цепи. Зелёным - только OPM, бирюзовым - только DeepMHMM, красным - программы согласны.

    Выводы

    В данном случае скорее всего DeepTMHMM ошиблась из за того, что не учлитывала участие лиганда — холестерол-гемисукцината в формировании трансмембранной α-спирали.