МОСКОВСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ ИМЕНИ М.В.ЛОМОНОСОВА
ФАКУЛЬТЕТ БИОИНЖЕНЕРИИ И БИОИНФОРМАТИКИ

Домашняя страничка Ильи Курочкина

Главная

I Семестр

II Семестр

Проекты

Обратная Связь

Банк последовательностей белков UniProt

  • Таблица, в которой содержится информация о моем белке

      Метка поля Содержание
    Код(ы) доступа ("Accession number") AC P0AA43; P33918; Q2MAQ8
    Идентификатор записи в БД ID RSUA_ECOLI
    Название (краткое описание) белка DE Ribosomal small subunit pseudouridine synthase A;
    16S pseudouridylate 516 synthase;
    16S pseudouridine 516 synthase;
    rRNA-uridine isomerase A;
    rRNA pseudouridylate synthase A;
    EC=5.4.99.-
    Дата создания документа DT 13-SEP-2005
    Дата последнего исправления аннотации DT 16-DEC-2008
    Число публикаций, использованных при создании документа RN 6
    Журнал и год самой поздней публикации RL Nat. Struct. Biol. - 2002
    Ключевые слова KW 3D-structure; Complete proteome; Direct protein sequencing; Isomerase; RNA-binding; rRNA processing.
    Что содержит поле комментариев? CC Функции: ответственный за синтез псевдоуридина из урацила-516 в 16S рибосомальной РНК.
    Каталитичекая активность: превращает уридин в псевдоуридин в рибосомальной РНК.
    Субъединица: мономер.
    Взаимодействие: P0A7R5:rpsJ; NbExp=1; IntAct=EBI-557810, EBI-544602;
    Родство: принадлежит к rsuA семейтву псевдоуридин синтетаз. Содержит 1 S4 РНК-связывающий домен.
    Идентификаторы записей PDB DR 1KSK;1KSL;1KSV

  • Вопрос, заданный по моему белку

    Аминокислотный остаток необходимый для выполнения белком своей функции это аспарагиновая кислота(Asp102). Для установление роли моего белка ученые производили мутации. А в частности меняли аспарагиновую кислоту(Asp102) на аспарагин(Asn102), либо на треонин(Thr102). При замене этого аминокислотного остатока белок утрачивал свою активность.

  • Количество белков похожих на мой белок

     Запрос  Число записей
    в SwissProt    		 Число записей
    в TrEMBL
    Ribosomal small subunit pseudouridine synthase a1385
    EC=5.4.99.-1,3157,044
    16S pseudouridylate 516 synthase130
    16S pseudouridine 516 synthase131
    rRNA-uridine isomerase A260
    rRNA pseudouridylate synthase A260

  • Сравнение моего белка и близкого по функциям к нему, но взятому из другого организма

      Метка поля Белок 1 Белок 2
    Первый код доступа AC P0AA43 Q8ZGM2
    Идентификатор последовательности в БД ID RSUA_ECOLI RSUA_YERPE
    Название (краткое описание) белка DE Ribosomal small subunit pseudouridine synthase A;
    16S pseudouridylate 516 synthase;
    16S pseudouridine 516 synthase;
    rRNA-uridine isomerase A;
    rRNA pseudouridylate synthase A;
    EC=5.4.99.-     		Ribosomal small subunit pseudouridine synthase A;
    16S pseudouridylate 516 synthase;
    16S pseudouridine 516 synthase;
    rRNA-uridine isomerase A;
    rRNA pseudouridylate synthase A;
    EC=5.4.99.-
    Дата создания документа DT 13-SEP-2005 15-AUG-2003
    Дата последнего исправления аннотации DT 16-DEC-2008 16-DEC-2008
    Название организма OS Escherichia coli (strain K12) Yersinia pestis
    Классификация организма (список таксонов) OC Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Escherichia. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Yersinia.
    Длина последовательности ID or SQ 231 235
    Молекулярная масса белка SQ 25865 26541
    Число публикаций, использованных при создании документа RN 6 3
    Журнал и год самой поздней публикации RL Nat. Struct. Biol. - 2002 DNA Res.- 2004
    Описание вторичной структуры FT Описание состоит из типа вторичной структуры(STRAND: бета-тяж, HELIX: альфа-спираль) описание отсутствует
    Ключевые слова KW 3D-structure; Complete proteome; Direct protein sequencing; Isomerase; RNA-binding; rRNA processing. Complete proteome; Isomerase; RNA-binding; rRNA processing.
    Темы, освещённые в комментариях CC Функции: ответственный за синтез псевдоуридина из урацила-516 в 16S рибосомальной РНК.
    Каталитичекая активность: превращает уридин в псевдоуридин в рибосомальной РНК.
    Субъединица: мономер.
    Взаимодействие: P0A7R5:rpsJ; NbExp=1; IntAct=EBI-557810, EBI-544602;
    Родство: принадлежит к rsuA семейтву псевдоуридин синтетаз. Содержит 1 S4 РНК-связывающий домен.    		 Функции: ответственный за синтез псевдоуридина из урацила-516 в 16S рибосомальной РНК(по родству).
    Каталитичекая активность: превращает уридин в псевдоуридин в рибосомальной РНК.
    Субъединица: мономер(по родству).
    Родство: принадлежит к rsuA семейтву псевдоуридин синтетаз. Содержит 1 S4 РНК-связывающий домен.
    Особенности последовательности FT CHAIN - кол-во и длина цепей

    DOMAIN - название домена

    ACT_SITE - остатки входящие в активный сайт фермента

    MUTAGEN - мутации и их эффект

    		 CHAIN - кол-во и длина цепей

    DOMAIN - название домена

    ACT_SITE - остатки входящие в активный сайт фермента
    Идентификаторы записей PDB DR 1KSK;1KSL;1KSV нет

    Из таблицы хорошо видно, что белки сильно похожи по описанию, т.е. имеют сходную функцию, принадлежат к одному и тому же семейству белков, состоят из очень похожего числа аминокислотных остатков. Отличее заключается в том, что у них разные первичные последовательности, ну и то, что встречаются эти белки у разных бактерий.

  • Количество белков похожих на мой белок, для которых известна третьичная структура

     Запрос  Число записей, для которых
    известна третьичная структура
    Ribosomal small subunit pseudouridine synthase a2
    EC=5.4.99.-32
    16S pseudouridylate 516 synthase2
    16S pseudouridine 516 synthase2
    rRNA-uridine isomerase A3
    rRNA pseudouridylate synthase A3

    Для нахождения похожих белков, для которых известна третичная структура я сперва нашел похожие белки(См.выше). Затем следовал следуюшей инструкцие: Browse by keyword → Technical term → 3D-structure.

© 2008,Илюха Курочкин,Inc