Главная

I Семестр

II Семестр

Проекты

Обратная Связь

Биологический смысл выравнивания

• Построение выравнивания аминокислотных последовательностей на основе пространственного наложения структур белков

  Выданные мне последовательности в fasta-формате:

  >seq1
  GVNQLGGVFVNGRPLPDVVRQRIVELAHQGVRPCDISRQLRVSHGCVSKI
  LGRYYETGSIKPG
  
  >seq2
  VIGGSKPKVATPKVVEKIAEYKRQNPTMFAWEIRDRLLAERVCDNDTVPS
  VSSINRIIRTK
  

  С помощью программы RasMol была построена остовная модель. Зеленым показана цепь A, красным цепь B. Синим для цепи A и голубым для B покрашенны совмещенные участки. Критерий по которому были выбраны совмещенные а.о. : расстояние между C_Α-атомами двух цепей должно быть меньше 2Å. Соответсвенно ниже приведены картинки для пространственного выравнивания. Получил их написав скрипт для Rasmol.

  Картинка пространственного выравнивания с одной стороны:

  

  Картинка пространственного выравнивания с противоположной стороны:

  

  Таблица для совмещенных а.о.(соответсвие а.о. цепи А и а.о. цепи В)

  А.О. из цепи А	А.О. из цепи B
  32	88
  33-48	91-106
  50	109
  53-55	113-115
  57	116
  58	118
  61-71	131-141

  Первое выравнивание делаем таким образом, чтобы совмещенные а.о. стояли друг напротив друга и учитываем все совмещенные а.о.

  Картинка с первым ручным выравниванием:

  

  Файл в формате msf, сохранённый из GeneDoc: aln_h1.msf

  Второе выравнивание делаем таким образом, чтобы совмещенные а.о. стояли друг напротив друга и учитываем только протяженные участки совмещенных а.о.(но я все-таки взял еще и учаток состоящий из 3 а.о.)

  Картинка со вторым ручным выравниванием:

  

  Файл в формате msf, сохранённый из GeneDoc: aln_h2.msf

• Построение выравнивание этих же последовательностей программой needle и сравниние моего выравнивания с автоматически полученным. Оценка качества работы автоматического выравнивания в данном случае

  Последовательности я выровнил с помощью программы needle пакета EMBOSS. Ниже приведено полученное выравнивание.

  Картинка с выравниванием полученным с помощью программы needle:

  

  Файл в формате msf, сохранённый из GeneDoc: aln_n.msf

  Мои выравнивания не совпадают с выравниванием полученным с помощью программы needle. Так как когда я строил выравнивания, я исходил из биологического смысла выравнивания, т.е. выравнивал совмещенные участки. А needle исходит из математического смысла выравнивания, т.е. строит оптимальное выравнивание, когда вес наибольший. Поэтому эти выравнивания и не должны совпадать.
  Поэтому можно с уверенностью судить о том, что в некоторых случаях биологически правильное выравнивание можно получить, только при наличии пространственных структур. Как например это получилось в данном случае.