Главная

I Семестр

II Семестр

III Семестр

Проекты

Обратная Связь

Банк EMBL

• 1. Сведения о банке EMBL, полученные с помощью системы SRS.

  А. Дату последнего проиндексированного в системе релиза EMBL - 7 сентября 2009, количество записей в нём 108577013.

  Б. Список классов ("Data Class") банка EMBL.

  Обозначение класса.	Описание класса .	Кол-во проиндексированных записей.
  ANN	Constructed sequence with annotation	-
  CON	Constructed sequence	-
  EST	Expressed Sequence Tag	62846990
  GRV	Genome Reviews	-
  GSS	Genome Survey Sequence	25905073
  HTC	High Throughput cDNA sequencing	549753
  HTG	High Throughput Genome sequencing	142473
  MGA	Mass Genome Annotation	-
  PAT	Patent	10439165
  SET	Project set (EMBL WGS Masters only)	-
  STD	Standard	7253026
  STS	Sequence Tagged Site	1310171
  TPA	Third Party Annotation	6520
  TSA	Transcriptome Shotgun Assembly	123842
  WGS	Whole Genome Shotgun	-

  B. Cписок разделов ("Divisions") банка EMBL .

  Обозначение раздела.	Описание раздела .	Кол-во проиндексированных записей.
  ENV	Environmental Samples (Образцы из окружающей среды)	4145029
  FUN	Fungi (Грибы)	3942084
  HUM	Human (Человек)	12841544
  INV	Invertebrates (Беспозвоночные)	15518735
  MAM	Other Mammals (Другие млекопитающиеся)	9429823
  MUS	Mus musculus (Геном мыши)	7424621
  PHG	Bacteriophage (Бактериофаги)	5865
  PLN	Plants (Растения)	33806044
  PRO	Prokaryotes (Прокариоты)	909986
  ROD	Rodents (Грызуны)	2261678
  SYN	Synthetic (Искусственно синтезированные)	2671622
  TGN	Transgenic (Трансгенные)	265465
  UNC	Unclassified (Неклассифицированные)	3945859
  VRL	Viruses (Вирусы)	827405
  VRT	Other Vertebrates (Другие позвоночные)	10581253

  Г. Были выбраны четыре раздела банка EMBL (FUN, HUM, SYN и VRL) и определено сколько стандартных (класса STD) записей появилось в каждом из этих разделов за март 2008 года и за тот же месяц 2009 года.

  

  Наибольший по кол-ву записей - раздел FUN, причем наблюдаем значительное снижение поступление записей в 2009 году Так же мы наблюдаем снижение поступления записей в разделах HUM и SYN. Только в разделе VRL незначительное увеличение поступление записей в 2009 году. Скорей всего это связано с тем, что Это объясняется тем, что "бум" на сознание записей связанных с геномом грибов, ДНК человека и искусственно созданные геномы уже прошел и добавлять что-то новое теперь все сложнее.

• 2. Описание гена OTF3 из записи EMBL с кодом доступа BA000025.

  Направление гена относительно направления записи - прямое

  Число кодирующих участков - 4

  Длины кодирующих участков - 241, 131, 159, 267

  Длины интронов - 233, 284, 262

• 3. Поиск белка по кодирующему участку гена OTF3.

  1. Находясь на kodomo-count запустить команду seqret -sask
  2. На запрос intup (gapped) sequence ввести имя входного файла EMBL (BA000025.embl)
  3. На запрос Begin at position [start]: 777228
  и End at position [end]: 777494
  4.На запрос Reverse strand я ввел "n", так как участок лежит на прямой цепи
  5.Задать имя выходного файла (otf3.fasta)
  6.Зайти на страницу http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/
  7.Пойти по ссылке blastX - она ищет белковые последовательности по заданным на вход нуктеотидным
  8.В поле "upload file" была подана вырезанная последовательность в fasta-формате
  9.В поле "database" был выбран банк swissprot. Далее был начат поиск.

  В итоге найден ряд белков из различных организмов. Первыx два найденных белка имеют e-value= 6e-38, первый выделен из шимпанзе об. и имеет идентификатор Q7YR49, а второй из человека - Q01860. Экзону соответствует участок этого белка с 273 по 360 аминокислотные остатки.

• 4. В записи Swiss-Prot, описывающей белок P0AA43 были взяты все ссылки на банк EMBL.

  На основе данных SRS была заполнена следующая таблица:

  Идентификатор записи EMBL	Тип молекулы	Класс данных	Раздел EMBL	Длина последовательности	Дата создания документа	Описание
  AP009048	genomic DNA	STD	PRO	4646332	22-JAN-2006	Escherichia coli str. K12 substr. W3110 DNA, complete genome
  U00008	genomic DNA	STD	PRO	39149	24-NOV-1993	centisome 49 region of E.coli K12 BHB2600
  U00096	genomic DNA	STD	PRO	4639675	23-FEB-2006	Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655, complete genome

  В EMBL обнаружено 3 записей геномных ДНК. Самая короткая последовательность являются самой старой - 1993 года, она содержит только небольшой участок генома E.coli. Самые свежие записи (2006) являются полным геномом E.coli.