Работа с сервером MEME
1. Нахождение общего мотива в предложенных последовательностях.
На сервере MEME был выполнен поиск общего мотива среди последовательностей из файла, содержащего последовательности ДНК E.coli, находящимися перед генами, регулируемыми белком PurR (пуриновым репрессором).
Параметры поиска MEME:
- распределение количества встреч каждого мотива:"Zero or one per sequence"
- максимальная и минимальная длина мотива: по 16 (поиск мотивов со строго заданной длиной)
- число различных мотивов: 1
В результате чего были получены, следующие результаты:
LOGO
Позиционно-спецефическая весовая матрица (PSSM)
Номера позиций мотива A C G T Буква, отвечающей множеству нуклеотидов, дающих положительный вклад в вес 1 121 -982 65 -982 R 2 180 -982 -982 -982 A 3 21 -94 65 -37 R 4 -982 -982 223 -982 G 5 63 138 -982 -982 M 6 180 -982 -982 -982 A 7 180 -982 -982 -982 A 8 121 -94 -982 -37 A 9 -982 223 -982 -982 C 10 -982 -982 223 -982 G 11 -137 -982 6 121 K 12 -982 -982 -982 180 T 13 -982 -982 -982 180 T 14 -37 -94 106 -37 G 15 -982 223 -982 -982 C 16 -137 -94 187 -982 G Таблица найденных мотивов
Имя последовательности Цепь Координата первого нуклеотида purM - 21 cvpA - 29 purE - 14 pyrC + 32 codB - 18 purR + 38 purL - 9 guaB + 30 glnB + 16 Исходные последовательности с подчеркнутыми мотивами
>purM aaaggttgtgtaaagcagtctcgcaaacgtttgctttccctgttagaattgcgccgaattttatttttctaccgcaagtaacgcgtggggacccaagcag >cvpA tttattgatgcgcgggaaggaaatccctacgcaaacgttttctttttctgttagaatgcgccccgaacaggatgacagggcgtaaaatcgtgggacacat >purE tgatttcacagccacgcaaccgttttccttgctctctttccgtgctattctctgtgccctctaaagccgagagttgtgcaccacaggagttttaagacgc >pyrC agggcgcattcgcgccctttatttttcgtgcaaaggaaaacgtttccgcttatcctttgtgtccggcaaaaacatcccttcagccggagcatagagatta >codB aaaaaatatatttccccacgaaaacgattgctttttatcttcagatgaatagaatgcggcggattttttgggtttcaaacagcaaaaagggggaatttcg >purR ggcgtaccgcaacacttttgttgtgcgtaaggtgtgtaaaggcaaacgtttaccttgcgattttgcaggagctgaagttagggtctggagtgaaatggaa >purL ttatttccacgcaaacggtttcgtcagcgcatcagattctttataatgacgcccgtttcccccccttgggtacaccgaaagcttagaagacgagagactt >guaB gatagcaagcattttttgcaaaaaggggtagatgcaatcggttacgctctgtataatgccgcggcaatatttattaaccactctggtcgagatattgccc >glnB ttcccgacacgagctggatgcaaacgatttcaaggaatgaattggcgttatgtgttacgtttagcagatcaaaagacaggcgaccttttcaaggaatagc
2. Сравнение результатов с реальными сайтами узнавания PurR.
С помощью МЕМЕ были найдены мотивы в 9 из 17 последовательностей. Предсказанные сайты всех этих последовательностей совпадают с реальными сайтами.
Число реальных сайтов: 10
Число правильных предсказаний: 9
Общее число предсказаний: 9
Чувствительность равняется 0,9
Специфичность равняяется 1
Во всех случаях правильных предсказаний координаты сайтов, предсказанных MEME были сдвинуты на 1 нуклеотид относительно реальных (влево для прямой цепи, вправо для обратной).