|
Главная
I Семестр
II Семестр
III Семестр
IV Семестр
Проекты
Обратная Связь
|
Домены. БД Pfam, InterPro.
- Исследование доменной структуры конкретного белка
- Описание доменной структуру белка по данным Pfam
Зашел на главную страничку БД Pfam.
По идентификатору UniProt RSUA_ECOLI нашел описание его доменной организации.
Доменная структура белка RSUA_ECOLI по данным Pfam
Cхема из Pfam:
 |
Пояснения к схеме
|
| № |
Pfam AC |
Pfam ID |
Полное название семейства домена |
Положение в последовательности белка RSUA_ECOLI |
Клан |
| 1. |
PF01479 |
S4 |
S4 домен, РНК связывающий домен |
1-47 |
- |
| 2. |
PF00849 |
PseudoU_synth_2 |
РНК псевдоуридилат синтаза, фермент превращающий конкретные урацилы в псевдоуридины у 23S рРНК |
61-192 |
- |
- Экспортировал в формат msf выравнивание-затравку (seed) для N-концевого домена заданного белка (S4 домен). Скачать:
выравнивание и картинку.
- Сравнение описаний доменной структуры в Pfam с описанием в других БД
Открыл главную страничку БД InterPro. По идентификатору UniProt моего белка
ищем описание всех подписей (signatures) , интегрированных в InterPro, т.е. имеющих InterPro ID. Для сравнения посмотрим на подпись Pfam:
Подпись, которая, на мой взгляд, наиболее отличается от подписей PFAM:
Это подпись из БД PROSITE, её InterPro ID: IPR018496. Данный мотив состоит из 15 аминокислот(99-113), что в значительной степени отличается от домена
из Pfam.
- Сопоставление доменной структуру с 3D структурой заданного белка
С помощью PyMOL было получено изображение пространственной структуры RSUA_ECOLI по записи PDB 1KSK.
Домены Pfam соответствуют отдельным компактным частям структуры. Домен S4 (зелёного цвета) полностью соответсвует структурному домену. А вот домен
РНК псевдоуридилат синтазы (красного цвета) отличается от структурного домена, более коротким β-слоем.
- Исследование эволюции отдельных доменов
- Описание того, как часто и в каких организмах встречаются домены заданного белка
Представленность изучаемых доменов в различных организмах
| № |
Pfam ID |
Количество видов, в белках которых встречается этот домен |
| 1. |
S4 |
4174 |
| 2. |
PseudoU_synth_2 |
943 |
Представленность домена PF00849 (PseudoU_synth_2) в организмах разных видов
|
Таксон
|
Количество белков с доменом PF00849
|
| Эукариоты |
Зеленые растения |
158 |
| Грибы |
109 |
| Животные |
86 |
| Остальные эукариоты |
197 |
| Бактерии |
8070 |
| Археи |
6 |
Данный домен не свойственнен археям. Наиболее сильно распространён среди бактерий.
Среди эукариотических организмов домен распространен во всех царствах, наибольшее его представительство у зеленых растений.
- Определить, в скольких разных белках Escherichia coli K12 встречаются домены, представленные в заданном белке
Представленность изучаемых доменов в белках Escherichia coli (strain K12)
| № |
PFAM ID |
Количество белков в Escherichia coli (strain K12) |
| 1. |
S4 |
? |
| 2. |
PseudoU_synth_2 |
8 |
В Escherichia coli (strain K12) есть 8 белков содержащих домен PseudoU_synth_2 и неизвестное количество белков,
содержащих домен S4. А также есть пять белков, содержащий оба данные домены.
Видимо это связано с тем, что каждый из данных белков участвует в превращение определенных урацилов в псевдоуридины.
- Привести не менее 3-х примеров разных доменных перестроек
Домен PF01479 (S4) встречается в сочетании с разными доменами, причем бывает как на N-, так и на С-конце последовательности (красного цвета).
| RS4E_ARCFU |
 |
| HSLR_AERSA |
 |
Также этот домен может находится не только в сочетании с другими доменами, но и быть единственным в последовательности.
| Q0CC48_ASPTN |
 |
| C5KK45_9ALVE |
 |
Домен PPF00849 (PseudoU_synth_2) встречается в сочетании с разными доменами, но может быть единственным в последовательности, причем
присутствовать в нескольких копия (красного цвета).
| A9GP63_SORC5 |
 |
| A4HIC8_LEIBR |
 |
|