Для запуска данного сервиса, необходимо было сперва получить выравнивание в правильной форме. Для этого я воспользовался
программой T-COFFEE расположенной на сайте http://www.ebi.ac.uk/ и выбрал выравнивание в форме phylip
(mp_tcoffee.phylip)
2. Запуск TreeTop
В результате чего было получено два дерева c использованием двух разных алгоритмов.
CLUSTER ALGORITHM:
((((((HAEIN:0.195751,PASMU:0.195751):0.072969,(PROMH:0.168893,YERPE:0.168893):0.099827):0.045777,VIBCH:0.314497):
0.196866,(NEIMA:0.459287,RALPJ:0.459287):0.052076):0.068170,RHIEC:0.579534);
Полученные данным сервисом деревья совпадают с правильным деревом. Кроме этого была выдана матрица расстояний.
Помимо этого имеется удобный графический интерфейс для визуализации полученных деревьев. То есть то, что
мы делали с помощью нескольких программ делает одна программа. Поэтому для получения дерьвьев по множественному выравниванию
очень удобно использовать данный сервис. Однако минус в том, что TreeTop нельзя на вход подать множественное выравнивание в fasta-формате.