Главная

I Семестр

II Семестр

III Семестр

IV Семестр

V Семестр

Проекты

Обратная Связь

Программы DSSP и HBplus

• DSSP, вторичная структура белка:

  Для работы был взят файл PDB с ID 1KSK (1ksk.pdb). PDB-файл содержит информацию об одной полипептидной цепи A. Данный файл был подан на вход программе DSSP, в результате чего получен выходной файл 1ksk.dssp, который был импортирован в Excel (1ksk_dssp.xls).

  α-спирали на основании PDB файла и выдачи DSSP представлены в таблице:

  PDB		DSSP
  Начало	Конец	Начало	Конец
  3	12	3	11
  14	24	15	23
  82	87
  91	95
  114	123	115	122
  143	151	144	150
  184	193	185	192
  223	228	224	227

  При сравнении α -спиралей, указанных в PDB-файле с выдаче DSSP, были обнаружены небольшие отличия (с разницей в 1 аминокислотный остаток). Участки 83-86 и 92-94 в выдаче DSSP были отмечены как 3₁₀ спирали.

  Участки β-тяжей на основании PDB файла и выдачи DSSP представлены в таблице:

  PDB		DSSP
  Начало	Конец	Начало	Конец
  1	2	1	2
  		27	29
  32	33	32	33
  40	41	40	41
  47	49	47	49
  52	54	52	54
  62	67	62	67
  96	97	96	97
  106	112	106	112
  130	136	130	136
  165	170	165	170
  173	178	173	178
  197	205	197	205
  208	209	208	209
  219	221	219	221

  β-тяжи, указанные в PDB-файле и полученные с помощью программы DSSP, полностью совпали, за исключением одного участка 27-29, присутствовавшего в выдаче программы DSSP и отсутствовавшего в PDB файле.

• Угол φ

  В таблице показаны остатки, имеющие положительный угол φ:

  Тип остатка	Номер остатка	Угол φ
  G	12	72,7
  N	25	64,2
  D	30	54,2
  G	31	85,2
  D	50	58,1
  G	51	100,2
  G	70	87,0
  V	91	37,4
  G	99	118,2
  G	107	110,7
  G	151	115,2
  N	156	62,6
  H	184	52,3
  G	194	94,0
  G	206	54,4
  G	217	93,5

  Интересно заметить, что остаток 107 с положительным углом φ входит в β-тяж. Как известно, такие значения угола φ не свойственны остаткам бета-тяжей.

• Изображение белка в остовной модели (создано в PyMOL):

  	α-спирали		β-тяжи
  	Остатки с углом φ > 0		Остальные

• HBPlus, водородные связи:

  PDB файл (1ksk.pdb) был подан на вход программе HBPlus, в результате чего был получен файл 1ksk.hb2, содержащий информацию о водородных связях в данной записи PDB. В программе PyMOL были получены изображения следующих примеров водородных связей:

  • участвующие в стабилизации вторичной структуры

    

  • между боковыми цепями аминокислотных остатков

    

  • между боковой цепью одного остатка и остовным атомом другого

    

  • между белком и каким-либо лигандом (малой органической молекулой)

    

  • участвующие в образование водяного мостика