Главная

I Семестр

II Семестр

III Семестр

IV Семестр

V Семестр

Проекты

Обратная Связь

Электронная плотность

• Работа с записью 2B5A банка PDB

  Для работы был взят файл PDB с ID 2B5A (2B5A.pdb), а также был получен файл с электронной плотностью данной структуры (2b5a.omap). Глутамин 21 цепи C имеет две альтернативных конформации. Такие же глутамины трёх других цепей – по одной конформации. В PyMOL были получены изображения глутаминов 21 цепей A и C и поверхностей уровней 1 и 0.5 электронной плотности в окрестности этих остатков.

  • Глутамин 21 цепи А:

    

  • Глутамин 21 цепи C(альтернативные конформации обозначены буквами A и B, как в записи PDB):

    

  Интересный факт: во всех вариантах глутамина электронная плотность между атомами Cγ и Cδ заметно снижена, а в конформации B глутамина цепи C даже ниже уровня 0.5. Также заметно значительное увеличение электронная плотности у атома Cγ цепи C, конформации А.

• Работа с записью 1KSK банка PDB

  Аналогично предыдущему заданию было построено изображение тирозина 62 цепи А из записи 1KSK. Для данной записи (1ksk.pdb) был получен файл с электронной плотностью данной структуры (1ksk.omap). В изображении представлены поверхности уровней 1 и 0.5.