МОСКОВСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ ИМЕНИ М.В.ЛОМОНОСОВА
ФАКУЛЬТЕТ БИОИНЖЕНЕРИИ И БИОИНФОРМАТИКИ

Домашняя страничка Ильи Курочкина

Главная

I Семестр

II Семестр

III Семестр

IV Семестр

V Семестр

Проекты

Обратная Связь

Характеристики PDB-файла; биологические единицы

  • Технические характеристики моей записи PDB (1ksk.pdb)

    Разрешение 2.00 Å
    Число рефлексов 30730
    Полнота (процент рефлексов с разрешением ниже указанного) 91.5
    R-фактор 0.217
    Свободный R-фактор 0.262
    Количество рефлексов, использованных для вычисления свободного R-фактора 2089
    Процент рефлексов, использованных для вычисления свободного R-фактора (не указан в файле, рассчитан самостоятельно) 6.8
    Кристаллографическая группа и тип симметрии (P, I, ...) P 21 21 2
    Длины векторов a, b, c (базисных периодов кристаллической решётки) 48.771 149.220 35.200
    Ортогональны ли базисные периоды? Да
    Совпадает ли абсолютная система координат с депонируемой (используемой в записи PDB)? Да
    Совпадает ли биологическая единица с ассимметрической единицей, записанной в файле? Если нет, то в чём разница? Совпадает
    Есть ли в структуре атомы с коэффициентом заполнения, меньшим 1? Если да, то приведите пример Нет.

  • Вычисление относительных координат одного из Сα-атомов своего белка

    Возьмем один из атомов моего белка: 
    ATOM     30  CA  ARG A   2      21.608  39.033  -8.073  1.00 26.19           C
    Матрица и вектор преобразования: 
    SCALE1      0.020504  0.000000  0.000000        0.00000  
SCALE2      0.000000  0.006702  0.000000        0.00000  
SCALE3      0.000000  0.000000  0.028409        0.00000
    Относительные координаты cчитаются умножением матрицы на координаты с последующим прибавлением вектора:
    Xотнос= 21.608*0.020504 = 0.443050
    Yотнос= 39.033*0.006702 = 0.261599
    Zотнос= -8.073*0.028409 = -0.229346

  • Биологическая единица по записи PDB 1QP0

    На сервере PDBe были получены и файл записи банка с ассиметической единцией (1qp0.pdb), и файл с биологической единицей (1qp0_1.pdb).

    Изображение ассиметрической единицы:

    Изображение биологической единицы:

    Анализируя только структуру ассиметрической единицы, невозможно получить инфмормацию о том как белок связывается с ДНК, так как есть только одна из цепей ДНК, а также нельзя узнать как взаимодействуют между собой белковые субъединицы.

© 2008, Илья Курочкин