Главная

I Семестр

II Семестр

III Семестр

IV Семестр

V Семестр

Проекты

Обратная Связь

Пространственное выравнивание и совмещение

• Совмещение доменов цепей А записей 1HY0 и 1I0A в PyMOL

  Получим из банка PDB записи 1HY0 и 1I0A.
  С помощью сервиса pDomains определим доменную структуру цепей А записей 1HY0 и 1I0A. Согласно CATH цепь А записи 1HY0 состоит из 3 доменов:

  • 27-123, 195-234
  • 124-194, 235-364, 437-463
  • 365-436

  Согласно CATH цепь А записи 1I0A состоит из 3 доменов:

  • 27-123, 195-234
  • 124-194, 235-364, 437-463
  • 365-436

  Теперь мы можем построить в PyMOL командой align совмещения доменов цепей А из записей 1HY0 и 1I0A. Для этого сперва выделим пары доменов из записей, а затем воспользуемся командой: align domain1, domain2

  • Совмещение первых доменов (27-123, 195-234)
    RMSD = 0.371

    

  • Совмещение вторых доменов (124-194, 235-364, 437-463)
    RMSD = 0.409

    

  • Совмещение третьих доменов (365-436)
    RMSD = 0.527

    

  На рисунках остов цепи A записи 1HY0 окрашен желтым, фиолетовым - остов цепи A записи 1I0A. Как видно из рисунков, пространственные структуры последовательностей очень похожи и хорошо совпадают при наложении. Показатели RMS, которое во всех случаях мало, также указывают на хорошее совмещение доменов.

• Построение структурного выравнивания цепей А записей 1AKH и 1W0T

  Построим программой PDBeFOLD структурное выравнивание цепи А из записи 1AKH и цепи А из записи 1W0T. Скачаем полученное выравнивание и сохраним в файле: 1akh_1w0t_ssm.fasta

  Затем по полученному выравниванию с помощью сервиса Geometrical core найдем геометрическое ядро с порогом 2 Å. В результате получаем список остатков (и позиций выравнивания), образующих геометрическое ядро. Этот список представлен в следующей таблице:

  Pos.	1AKH_A	1W0T_A
  11	ALA83	LYS389
  12	PHE84	ASN390
  13	LEU85	LEU391
  15	GLU87	SER393
  28	LYS100	TRP403
  29	GLU101	SER404
  30	GLU102	LYS405
  31	VAL103	ILE406
  41	THR110	THR416
  42	PRO111	SER417
  43	LEU112	VAL418
  44	GLN113	MET419
  45	VAL114	LEU420
  46	ARG115	LYS421
  47	VAL116	ASP422
  48	TRP117	ARG423
  49	PHE118	TRP424
  50	ILE119	ARG425
  51	ASN120	THR426
  52	LYS121	MET427
  53	ARG122	LYS428
  54	MET123	LYS429
  55	ARG124	LEU430

  • Совместим в PyMOL командой pair_fit структуры по CA-атомам, входящим в геометрическое ядро.

    

    На рисунках остов цепи A записи 1AKH окрашен желтым, фиолетовым - остов цепи A записи 1W0T. Как видно из рисунка, лучше всего совместились α-спирали структур. В других участках цепей успешно выравнились лишь отдельные остатки. RMSD такого совмещения (по Сα-атомам, входящим в геометрическое ядро) = 0.865. Значение RMSD очень хорошее, что говорит об успешном выравнивании и совмещении структур.
  • Для сравнения посмотрим на результат команды align на полных цепях.

    

    Очевидно, что это выравнивание не верно. RMSD такого совмещения = 6.198.
  • Теперь сравним два полученных результата с результатом экспериментальной команды super . Для этого применим следующую команду: super chain1, chain2.

    

    RMSD полученного выравнивания равно 2.186. Это значение RMSD хуже значения, полученного с помощью программ SSM и pair-fit. Впрочем, из рисунка видно, что структуры совместились почти также, как и в случае использования программ SSM и pair-fit. Таким образом, результат программы super достаточно достоверен.