|
Главная
I Семестр
II Семестр
III Семестр
IV Семестр
V Семестр
VI Семестр
Проекты
Обратная Связь
|
Введение в PyMol
Мутагенез в белке записи 1LMP
Сперва были выделены атомы белка, образующие водородные связи с частью лиганда. Затем средствами Tcl/Tk интерфейса (Wizard->Mutagenesis) была проведена мутация в белке из записи PDB 1LMP. Вероятно мутация аминокислоты Asp52 до Gly (1LMP_mutaion), может ухудшить связывание белка с лигандом.
Изображение белка из записи 1LMP:
Голубые углероды принадлежат лиганду, серые - остатку Asp52, бледно-зеленые - белку.
Создание анимационного ролика
Используя команды mset, mview, super, translate был создан анимационный ролик, где происходит совмещение белков и показывается место мутации.
Готовый ролик MPEG: movie.mpg.
Создание валентинки
Создадим поли-аланиновую последовательность в форме валентинки. Для изменения формы будем использовать режим Editing и манипулирование торсионными углами. Ctrl+RightClick - выбор связи, Ctrl+LeftClick - вращение. Получившаяся последовательнось сохранена в файл: valentine.pdb
Изображение поли-аланиновой последовательности представлено ниже:
Написание скрипта для построения поли-аланиновой альфа-спирали длиной 100 аминокислот
Написание скрипта для построения B-формы ДНК длиной 100 пар нуклеотидов
|