Выравнивание последовательностей белка.

1. Карта локального сходства двух полипротеинов

Таблица 1. Характеристики двух лучших выравниваний полипротеина вируса полиомиелита и полипротеина вируса ящура
% Identities	% Positives	Gaps	Length	Score	Score (bits)
29	48	59(8%)	P06210: 615 P03306: 644	636	249
36	49	43(13%)	P06210: 306 P03306: 275	397	157

Карта локального сходства

Рисунок 1.Карта локального сходства белков P06210 и P03306

**Таблица 2. Названия зрелых белков**
Координаты участка белка	Названия зрелых белков
(I)P06210: 1592-2206	Protease 3C; RNA-directed RNA polymerase
(I)P03306: 1684-2327	Picornain 3C; RNA-directed RNA polymerase 3D-POL
(II)P06210: 1112-1417	Protease 2A; Protein 2B; Protein 2C
(II)P03306: 1109-1383	Protein 2C

2. Сравнение веса выравнивания со случайным

**Таблица 3. Сравнение веса выравнивания двух гомологичных белков и двух негомологичным со случайным**
Характеристика	Uniprot ID	Score (оптимального локального выравнивания)	Score (bits)	Median	Верхний квартиль	P-значение
Пара гомологичных белков	TSAD_ECOLI и TSAD_BACSU	711.5	7.125	49.5	55.625	7.2×10^-3
Пара негомологичных белков	FRMA_ECOLI и MURB_BACSU	54.0	1.9	48.5	54.625	2.7×10^-1

3. BLAST: поиск гомологов в банке

**Таблица 4. Характеристики выравнивания исходного белка с гомологичными**
Uniprot ID	Uniprot AC	Organism	% Identities	% Positives	Length	Gaps	Score	Score (bits)	Expect	% Coverage
CATJ_PSEKB	Q8VPF2.1	Pseudomonas knackmussii B13	31	47	260	25	228	92.4	3e-21	89
GCTB_ACIFV	Q59112.3	Acidaminococcus fermentans DSM 20731	27	44	266	29	211	85.9	7e-19	91

Вернуться на главную страницу

© Наумова Юлия, 2018